1、你应该说清楚A、B企业各是做什么的！工厂？餐饮？
2、根据我的第一理解，跟你说下：
环评报告是按照项目来的，不管你公司注册在哪里，如果你准备在一个地方进行项目的话，那么你就要委托环评单位（最好是当地的公司且有环评资质）进行环评报告编制，然后送到当地环保行政审批部门（即环保局）进行审批，当然一般情况下送审工作环评单位会帮助你的。
建设项目环评报告有几个是必须的：建设单位、建设地点等，如果你准备在乙地进行项目的话，你必须有建设地点使用权（房产证、租赁合同或土地使用证等）。 如你所说，A、B是两家独立的法人公司，那么环评报告肯定是分开做的，哪怕A、B的项目是在同一个车间里都要分开做。
希望能帮到你！
