1、培养目标是不同的，学硕主要是培养科研型人才，所以如果你想继续读博，甚至是直博，又或者你想考科研研究或是在大学里任教的话，那你可以优先选择学硕硕士；专硕主要是培养应用型、实践型人才，如果你是以就业为目的的，你可以优先选择专硕。
2、培养方式不同。学硕更偏重基础理论的学习，重点培养学生从事科学研究创新工作的能力和素质；而专硕则以实际应用为导向，以职业需求为目标的。
3、报考条件不同。学硕的话，在校生一般都可以报考的，但是专硕中有部分专业是必须需要工作经验的，比如：管理类专硕里面的MBA、MEM等、教育管理专硕等。
4、入学难度不同。举例说明，拿工科来说，学硕一般考英语一、数学一；而专硕一般考英语二、数学二，所以相对来说专硕比学硕要低些。不过这里提醒下，医学类的专硕一般比学硕难，管理类的专硕，尤其是会计专硕难度并不低于学硕。
5、学费不同。学硕一般都是按照国家要求来收费，一般为每年8000元；而专硕则是学校自主收费，视学校和专业不同而不同，便宜的可以到6000每年，贵的可以达到几十万，比如北大光华管理的EMBA，2年66万。
6、学制不同，学硕一般为3年，而专硕大部分为两年（当年也有2、5年、3年制的），这里需要说明一下，法律硕士、医学类专硕一般均为3年。
