一、办公室
负责会议组织、文秘、档案、信访、宣传报道、督查督办、机构编制、人事、劳动工资、教育培训、工青妇、计划生育和综合治理工作;负责后勤接待、科技开发、设备购置和资产管理等工作;承办中心领导交办的其他事项。
二、资金归集科
编制和执行全市住房公积金归集计划;负责市本级住房公积金的具体归集工作;管理和编制市本级住房基金及维修基金的使用计划;审核征收房改房上市时房改房原未计价部分的公用分摊面积的部分房款;负责市本级并指导各县(市、区)管理部个人住房公积金的缴存工作;建立市本级缴存人个人账户，并定期与银行对账。
三、资金营运科
编制执行住房公积金的使用计划及执行情况的报告;负责公积金运行的安全和保值增值工作;制定有关信贷计划和资产保全措施，负责市本级个人住房公积金贷款和收贷工作，并对住房公积金贷款进行跟踪管理;编制全市住房公积金的调度计划;负责审核县(市、区)管理部的个人住房公积金贷款工作;负责审核市本级并指导各县(市、区)管理部住房公积金的提取工作。
四、财务科
编制全市住房公积金、市本级单位住房基金的年度预决算;负责全市住房公积金、市本级单位住房基金的会计核算;编制全市住房公积金、市本级单位住房基金财务收支计划;负责管理市中心的财务收支工作;审核各县(市、区)管理部的财务报账;承办公积金贷款资金划转业务;办理住房公积金提取、转移和单位住房基金拨付、划转业务;核算住房公积金增值收益;负责统计工作;负责电算化会计管理、财会人员业务指导及培训工作。
五、稽核科
负责住房公积金财务收支及单位经费开支的内部审计工作;负责职工个人住房公积金贷款的稽核工作;负责督促对不良委托贷款的管理工作;负责对申报的资产损失和账贷款的核销及对逾期委托贷款停、减、缓息的审查工作。
六、信息科
负责中心计算机网络系统、应用程序的管理和维护，保障网络系统、应用程序的运行畅通和指导;负责中心计算机设备的采购、维护及有关对外的联络工作。
七、会计结算科
负责全市住房公积金业务的财务核算;负责编制住房公积金业务的财务预、结算及财务报表;组织实施全市住房公积金增值收益使用计划和住房公积金归集、使用计划;负责住房公积金业务的财务统计和会计档案的收集、整理、归档工作。
设立怀化市住房公积金管理中心沅陵县管理部、辰溪县管理部、溆浦县管理部、芷江侗族自治县管理部、新晃侗族自治县管理部、会同县管理部、靖州苗族侗族自治县管理部、通道侗族自治县管理部、洪江市管理部、洪江区管理部、麻阳苗族自治县管理部、中方县管理部、鹤城区管理部，均为市住房公积金管理中心的分支机构，副科级，经授权，负责所在行政区域内职工住房公积金的缴存、提取、个人住房贷款等业务。
