主要区别有，认证对象不同、认证方法不同、商标性质和标识不同、质量安全水平不同，具体如下：
一、认证对象不同
1、绿色大米
是以稻米产品为认证对象，属于质量证明商标。
2、有机大米
稻米的认证对象是土地和生产者，更强调生产过程的质量控制及产品可追踪性检查。
二、认证方法不同
1、绿色大米
依据标准，强调从土地到餐桌的全过程质量控制。检查检测并重，注重产品质量。
2、有机食品大米
实行检查员制度，以检查为主，检测为辅，注重生产方式。
三、商标性质和标识不同
1、绿色大米
标识是产品质量证明商标，使用绿色食品标志。
2、有机大米
标识是生产过程证明商标，使用机食品标志。
四、质量安全水平不同
1、绿色大米
等同于发达国家普通安全标准食品。
2、有机大米
等同于生产国或销售国安全标准食品。
参考资料来源：百度百科-绿色食品：大米
