户籍转移时新农村合作医疗并不会一并转移。
户籍转移手续由公安机关操作、处理，只是针对当时人户籍关系的转移；新农村合作医疗是在当地社保机构的参保，公安机关的户籍管理并不直接掌握这一信息，且不属于其业务范围。因此新农村合作医疗并不会随同当事人户籍关系的转移而转移，需要时当事人应到当地社保机构办理转移手续。
扩展资料：
转移手续
办理从业人员社会保险关系在城保、镇保、农保之间转移。
乡镇劳动保障服务中心或区县农村社会养老保险事业管理中心。
参保单位应到单位所在地乡镇劳动保障服务中心办理转出申报。
其中，外资企业、乡镇劳务型公司应到单位所在地区县农村社会养老保险事业管理中心办理转出申报。
办事依据《关于本市从业人员社会保险关系转移衔接有关问题的通知》（沪劳保农发［2004］1号）
申办条件：社会保险关系转出农保：本市从业人员参加城保、镇保。社会保险关系转入农保：符合农保养老金领取条件的“农业户籍”人员，可申请办理社会保险关系转入农保手续。
参考资料：百度百科-农保
