1994年的分税制改革以及相配套的国税与地税机构分设改革虽然作用明显，但随着经济向纵深发展，全面深化改革推进，分税制存在的背景条件变化，分税制以及国税与地税机构分设的弊端也逐渐显露。
（一）税务机构分设的局限性
从过去二十四年的税收征管实践来看，税务机构分设有其合理性，但也不可避免存在以下几方面的问题：
首先是增加征纳成本。从征税主体的税务征收成本来看，两套独立机构与单一机构相比，会增加征收机构的办公场所、设备配置等固定成本，以及人员成本和运行成本。从纳税主体的纳税成本来看，纳税主体要分别向两个税务机关报送财务报表、纳税申报表，接受两个税务机关的征收、管理和稽查，会增加纳税人的纳税遵从成本。
其次是降低征管效率。无论是纳税人向两个税务机关申报纳税、接受稽查，还是两个税务机关对同一纳税人的税务征收、管理，因为国地税征收税种不同，税收上不会发生重复征税，但在纳税奉行上会发生重复上门、一表二报问题，两大机构在征收管理中，出于维护中央与地方各自财政利益的考虑，存在对同一税基认定标准不一致、税种归属口径不统一、信息不互通，以及纳税人现金流不足于全额缴纳国税或地税时先满足哪一方等摩擦，这些情形都会降低征管效率。
第三，影响公平竞争。不但国税与地税在征管力度和尺度上的不统一会影响税法的统一性、权威性和严肃性，而且中央和地方政府都会从各自税源的发展需要出发，限制给予企业税收优惠，或通过税收返还吸引投资。虽然相对灵活的政策措施有利于地方经济发展，但很多时候地方乐于给而中央财政不允许，比如国家只允许中央财政对企业的补贴不并入企业利润缴纳所得税，认为地方补贴影响了税收的公平性、合理性。国税与地税信息不互通、征管不统一、处理不一致、优惠不透明，也会影响企业在地区间的正常、合理流动。
（二）实施由分设向合作的改革
随着我国财税体制改革的逐步深化，传统的国税与地税机构互相独立的局面已难以适应新形势的需要，深化税收征管体制改革的呼声高起，改革势在必行。但就如何改革，存在不同主张和看法。2015年12月，中办、国办联合下发了《深化国税、地税征管体制改革方案》。
《方案》认为：虽然我国自1994年实行分税制改革以来建立的分设国税与地税两套机构的征管体制取得了显著成效，为调动中央和地方两个积极性、建立和完善社会主义市场经济体制发挥了重要作用，但与经济社会发展、推进国家治理体系和治理能力现代化的要求相比，税收征管体制存在职责不够清晰、执法不够统一、办税不够便利、管理不够科学、组织不够完善、环境不够优化等问题，必须加以改革完善。但该《方案》同时认为，税收征管体制方面的问题，主要根源不在于机构分设，而在于管理体制和机制没有相应跟上。
为此，《方案》提出合作不合并的深化改革思路，以降低征纳成本，提高征管效率，增强税法遵从度和纳税人满意度，确保税收职能作用有效发挥，促进经济健康发展和社会公平正义为改革目标。《方案》依据依法治税、便民办税、科学效能、协同共治、有序推进改革的原则，从理顺征管职责划分、创新纳税服务机制、转变征收管理方式、深度参与国际合作、优化税务组织体系、构建税收共治格局六大方面提出了三十一条具体改革措施。
通过三年来的征管改革，以及简政放权上做“减法”、后续管理上做“加法”、优化服务上做“乘法”的放管服改革，税收征管质量得以提升和优化，纳税人两头登记、一表二报等问题得以解决。
三、从国税地税合作到国税地税合并
既然2015年以来的征管改革已经起到降低征收成本、提高征管效率的作用，当下合并地方国税与地税机构的改革，意义何在？这既有新一轮国务院机构改革的外部大环境方面的原因，也有税收征管效率提升的内部小环境方面的诉求。
（一）税务机构合并改革的外部大环境
从外部大环境看，本次地方国税与地税机构合并的改革，是本轮国务院机构改革中的一项改革。本轮国务院机构改革从精简机构出发，对国务院组成部门和其他机构进行了较大幅度的调整，减少了八个正部级机构和七个副部级机构；根据经济社会发展的新要求，增加了三个部委和三个国务院直属机构；按照优化机构设置和职能配置、理顺职责关系的要求，对相关机构进行了重新整合。本轮国务院机构改革力度之大、影响面之广、触及的利益关系之复杂，改革开放以来前所未有。如果我们把地方国税与地税机构合并的改革放在本轮国务院机构改革的大背景下分析，这一改革可谓水到渠成、情理之中、顺理成章。
（二）税务机构合并改革内部小环境
从内部小环境看，本次地方国税与地税机构合并的改革是在全面实施营业税改增值税（营改增）背景下进行的。2012年，我国实行服务业营改增试点。2016年，我国进一步全面实施服务业营改增。全面实施营改增后，作为地方税的营业税改为中央与地方五五分享的增值税，从税收征管体制考虑，作为共享税的增值税自然也改由国税机构征管。由于现行税收征管体制中的两大税务机构分属国家税务总局垂直管理和省以下地方税务机构小垂直管理，人员编制和经费配置互相独立运行，在征管任务发生重要变化情况下，国税任务和地税任务难以协调，而人员、经费等资源配置无法及时做出相应调整，难以适应税制、体制改革对征管体制改革的要求。
应该说，2015年的征管体制改革之所以没有将地方国税与地税机构合并而只是强调合作，与税务机构体系庞大、改革难度大有关。国税与地税机构合并涉及中央与地方两级，省、市、县地方三级；全国国税和地税系统在职干部总数近80万人，占整个公务员队伍的十分之一；税务机构不但承担征税，还承担着税外收费、基金征收和管理职责，而税费收入与地方政府利益关系密切。在当时税务机构独立推进改革的背景下，选择国税地税机构合作而不是予以合并的路径有其合理性。
考虑到地税机构作为收入组织机构是任何地方政府都比较看重的机构，保留地税机构当能调动地方政府的积极性。2015年的国税与地税机构合作而不合并的改革事实上推进了国税与地税机构的合作，再加上金税三期工程推进，都为这次国税与地税机构合并的改革创造了条件，提供了基础。（金税工程是经国务院批准的国家级电子政务工程，2013年开始实施的金税三期工程建成后将形成一个年事务处理量超过100亿笔、税务机关内部用户超过80万人、纳税人及外部用户超过亿人[户]的全国税收管理信息化系统。
