电子银行承兑汇票的风险主要有：
1、法律地位缺失
目前，电子票据在《票据法》中尚未确立合法的地位。在实际操作过程中，电子票据的签发和流动、资金划拨、结算，均是网上虚拟实现，但是我国的《票据法》尚未承认经过数字签章认证的非纸质的电子票据的支付和结算方式。
2、电子票据的接受度不是特别高
另外，很多企业的管理人员、财务人员，对于电子票据的认可度还是比较有限，适用的范围也不是很广，因此电子票据的流动性会受到一定影响。
3、出现纠纷取证难
由于电子票据的的格式、核押方式均由商业各银行自行确定的，而作为交易活动的客户方，无法掌握电子票据的真实性，一旦客户和银行之间发生因泄密、被盗、篡改等业务纠纷。
商业银行利用自己管理电子数据的优势，提供对自己有利的证据，而客户由于不掌握电子数据的管理权，则难以取得对商业银行不利的网上银行的电子数据证据，这会有失公平。
对于使用电子票据的企业或个人来说，当与商业银行发生纠纷时，客户无法取证、取证难，这也加大了客户的风险。
4、财务上的风险
电子票据在财务上，可能需要转开成纸质票据，而其与直接背书的的纸质票据的转让相比，电子票据的质押转开会同步增加客户应收和应付票据，增加客户的负债率，不利于财务表表的优化。
5、IT风险
对于电子票据，其还面临电子载体的各种系统性风险。包括数据文件丢失、系统瘫痪、网络攻击风险等等，这也是电子载体安全问题的共性。
6、道德风险
银行内部人员在审核上不严格执行的道德风险问题。
扩展资料：
电子商业汇票与纸质汇票相比的六大优点：
1、票据业务的交易效率更高。电子银行承兑汇票要素记载全部电子化，流通通过银行的系统渠道进行，传递没烦恼。而纸票传递和携带，为防止丢失或损毁，需要专人携带。
2、票据的运作成本不断降低。目前，电票的市场操作价格相对纸票稍微高一些，但是随着电票的普及，银行运营电票的成本会慢慢降低，电票的市场价格就会比纸票低。
并且使用电票后，不需再承担纸票的因邮递、查票等而产生的费用，节省传递成本、查询成本和在途资金成本。
3、票据业务的操作风险接近于零
电子银行承兑汇票没有实物，只有电子信息，全部储存在系统内，保管无忧愁。电票一切活动均在ECDS(电子商业汇票系统)上记载生成。
而ECDS是由中国人民银行牵头建设的全国性金融业务运行系统，该系统具备金融级的系统安全及信息灾备保障，彻底杜绝了克隆票和假票，杜绝了纸票流通过程中的一切风险。
4、管理方便，所有资料均在网银上，提高银行和企业管理票据的水平电子银行承兑汇票信息全部在系统中，电子化的信息查找更方便。能实现企业内部信息及资金管理与外部运营的无缝对接，管理更高效。
5、托收方便电子银行承兑汇票到期后，发出付款申请，资金可瞬间到账，收款更高效。
6、有助于全国统一票据市场的形成，促进金融市场的连通和发展，降低市场融资成本。
当然，相对来说纸票付款有其唯一的灵活性，而电票流通必须要先开通相应的电票系统。但对比来说，电票的优势更加明显。
参考资料：百度百科-电子银行承兑汇票
