好氧微生物也叫好氧菌。是在有氧环境中才能生长繁殖的微生物。好氧微生物在氧化有机物或无机物的产能代谢过程中，以分子氧为最终电子受体，进行有氧呼吸。好氧微生物包括大多数细菌、放线菌和真菌。
厌氧微生物也叫厌氧菌。是在无氧环境中才能生长繁殖的微生物。厌氧微生物在进行产能代谢过程中，以氮、硫及其氧化物或以有机物为最终电子受体，进行无氧呼吸。对于它们来说，分子氧（游离氧）是有毒物质。厌氧微生物绝大多数为细菌，很少数是放线菌，极少数是支原体。
兼性好氧微生物也叫兼性厌氧微生物。这类微生物具备两套氧化系统，既可以以氧为最终电子受体，也可以以其他物质为最终电子受体。因此，这类微生物在有氧环境和无氧环境中均可生存。兼性好氧微生物中，细菌、放线菌、真菌等都有。多数酵母菌为兼性好氧微生物。
