根据光线对标本的照明方式，可将显微术分为透射光显微术和落射光显微术两种。
透射光显微术即是前面所述的装置，它适合于观察对光可透的标本。而落射光显微术其照明光线则是从标本上方，经过套在物镜外围的特殊的垂直照明器，从物镜周围落射到标本上，经标本反射而进入物镜，它适于观察透明度不好的标本，以及各种活体组织等。
由于落射光显微术的物镜本身起到聚光器的作用，而物镜的镜口率又是随着放大倍数而增加的，因而使标本的亮度也随着放大倍数增大而提高，并且，由于激发光不必透过载玻片而进一步减少了激发光的无效吸收，这就特别适合于高放大的荧光显微术工作。
其次，由于激发光不直接进入目镜，而仅由标本散射回来的少部份光可进入目镜，故目镜的压制滤板可以很薄。
由于以上各点，所以荧光图象的亮度在高放大时较透射光显微术强得多，比较适合于观察不透明、半透明标本，如厚片，滤膜、菌落、组织培养等的直接观察。
