电子商业汇票系统由一个核心功能模块即电子商业汇票业务处理，两个辅助功能模块纸质商业汇票登记查询系统和商业汇票转贴现公开报价组成。
电子商业汇票业务处理功能模块是电子商业汇票系统的核心模块，通过该模块可为各行客户签发的电子商业汇票实行集中登记存储，并提供互联互通的流通转让平台，实现电子商业汇票出票、承兑、背书、保证、提示付款、追索等业务流程的电子化。同时，与银行、财务公司行内系统及人民银行的现代化支付系统连接，可实现电子商业汇票贴现、转贴现、再贴现等融资交易和提示付款的即时转账结算，同步完成票据融资交易的交割，实现票款对付(DVP)。
纸质商业汇票登记查询功能模块是系统参与者必须参加的模块，它能够为纸质商业汇票承兑、贴现、转贴差运瞎现、再贴现、质押、质押解除、挂失止付等票据行为提供登记查询服务，实现纸质商业汇票票面信息的集中登记存储，便利纸质商业汇票的贴现、质押业务查询。
商业汇票转贴现公开报价模块能够实现电子商业汇票和纸质商业汇悄者票转贴现公开报价，为银行、财务公司进行询价交易提供信息。目前商业汇虚空票转贴现公开报价模块暂不开通。
