高速公路活体动物运输免费通行主要针对畜禽、鲜活水产品等，其它活动动物需要依法缴纳对应的车辆通行费用。
根据交通运输部、国家发展改革委、财政部等有关文件规定，小货车装载蔬菜运输免费通行高速公路：
一、整车合法装载运输鲜活农产品车辆免收车辆通行费。整车合法装载是指享受“绿色通道”政策的车辆所装载的农产品属于绿色通道鲜活农产品范围，且占车辆核定载质量或车厢容积的80%以上。对绿色通道鲜活农产品范围内的鲜活农产品与绿色通道鲜活农产品范围外的其他农产品（必须为农产品，如粮食等）混装，且混装的其他农产品不超过车辆核定载质量或车厢容积20%的车辆，比照整车装载鲜活农产品车辆执行。对超限超载幅度不超过5%的鲜活农产品运输车辆，比照合法装载车辆执行。绿色通道鲜活农产品范围内的鲜活农产品与非农产品（建材、电器等）混装车辆，一律不能享受“绿色通道”优惠政策。
二、鲜活农产品包括新鲜蔬菜、水果、鲜活水产品、活的畜禽、新鲜的肉、蛋、奶的车辆。不属于鲜活农产品的范围的产品包括：畜禽、水产品、瓜果、蔬菜、肉、蛋、奶等深加工产品及花、草、苗木、粮食等。
三、货车运输时结合车辆的轴载重量和车货总重核定是否超载，但根据鲜活农产品运输政策规定，只要车辆所装载的农产品属于绿色通道鲜活农产品范围，且占车辆核定载质量或车厢容积的80%以上（超限超载幅度不超过5%），就可以免收车辆通行费，否则依法应缴纳车辆通行费。
活体动物运输时应注意的事项
1.活体动物包括家禽、鸟类、哺乳动物、爬行动物、鱼、昆虫、甲壳纲动物、贝壳类动物等。
2.托运人应当预先与承运人联系，说明活体动物的种类、数量、运输路线以爱莫能助主在运输过程中的特殊要求，经承运人同意后方要可办理托运。
3.托运人托运的活体动物应当健康状况良好，无传染性疾病，并具有卫生检疫证明。
4.托运人找运属于国家保护的动物，应提供国家有关部门出具的准运证明。
5.托运人每托运一票活体动物，应当自行填写活体动物国际运输找运申明书。
6.装运物的容器，应当适应动物的特性并符合航空运输的要求。容器应当例于装卸，并能防止动物破坏、逃逸或接触外界。容器的底部应当有防止动物粪便外溢的措施，容器应当保证通风，防止动物窒息。
7.托运人应当在容器上标明照料和运输该动物的注意事项。
8.托运人和收货人应当在机场托运或者提取活体动物，并负责活体动物在运输前和到达后的保管。
9.运输有特殊要求的活体动物时，托运人应当向承运人提出注意事项或者在现场进行指导。
10.非承运人的责任原因，活体动物在运输过程中或者在到达目的站后死亡，所产生一切处理费用，应当由托运人或者收货人承担。
11.托运人不得将任何活体动物混装于其它货物中托运。
12.承运人应对以下项目进行检查，托运人所托运的活体动物必须符合这些项目的要求。活体动物国际运输收运检查单样本。
