1.硝化细菌不能当做杀菌药物使用，硝化细菌只是可以抑制其他细菌滋生。当鱼生病时应该直接对症下药，不要用高浓度的硝化细菌作治疗药剂，这样很可能就耽误了疾病治疗的最佳时期。
硝化细菌可以在正常养殖中适时的补充，来抑制其他细菌的滋生，从而达到预防细菌性疾病的效果。
2.硝化细菌并无净水的功效。它只是可以分解氨氮和亚硝酸盐等对鱼有毒害作用的物质;抑制蓝藻、裸藻等有害藻类，但是它并不能分解大颗粒的杂质和藻类。
正确的羡枝处理水质混浊、悬浮物多的办法是用一些EM菌(乳酸菌、酵母菌等)来分解和絮凝，搭配过滤系统将杂质过滤出去。
3.新水族箱应采取一定措施后再投放硝化细菌。很多人在新购水族箱中加满自来水后，立即倒入大量硝化细菌，所谓“开缸携亮”，应该知道硝化细菌也需要废物(氨氮、亚硝态氮)做“食物”，在新水中往往缺少这些物质，造成硝化细菌活化后，由于缺少“食物”而大量死亡，反而影响了水质。
4.空缸培养硝化细菌很慢，可以放一些试水的鱼，增加水的活性或者铺上底泥，使硝化细菌有可以吸收利用的氮元素和其他有机物质，这样才能促进硝化系统的建立。
5.硝化细菌是一种用于控制养殖池水自生氨浓度的处理剂，不仅使用相当方便，而且能发挥立竿见影的效果辩派宽，故越来越受渔友的欢迎。使用时可直接将该剂散布于池中，不久即能发挥除铵的功效。
