片头开始是一艘圆形舰艇离开了一个看起来与地球有些相似的星球，留在地表的一位类人类外星人看着离开的飞船，打开一瓶黑色容器并喝下容器内的液体，然后他的身体立即就开始崩碎瓦解，坠入河川瀑布中。外星人的遗体分化后进入旁边的瀑布，他的DNA引发了生源反应。
2089年，考古学家伊丽莎白·肖（Elizabeth Shaw）与查理·赫洛维（Charlie Holloway）在苏格兰的斯凯岛考古时找到了一个古代时刻，发现这是一份星图，这份星图与其他几个相互间没有联系的古文明遗迹中发现的图形相符。他们相信这是外星人到访地球的纪录，相信人类是由外星人所创造出来，他们称外星人为“工程师”，并将所发现的星图视为邀请。
韦兰公司的年迈的首席执行官彼得·韦兰（Peter Weyland）为一支探险队提供资金，让他们登上“普罗米修斯号”根据星图前往遥远的行星LV-223。航进程中船员都处于休眠状态，由人形机器人大卫（David）监控旅程。船只于2093年到达目的地，船员得知他们的任务是要找到工程师。此次任务的负责人梅莉迪丝·维克斯（Meredith Vickers）命令船员没有她的允许不能擅自与外星生命接触。
“普罗米修斯号”降落在一个大型人造建筑附近，船员组织了一支小队进去考察。他们在里面找到了许多石瓶，还有巨大的人形雕像，以及一个身首异处的外星人尸体，肖找到了它的头。他们还找到了其他多具尸体，因此推测此物种于该处应都已死亡。考察队中的密尔本（Millburn）和费菲尔德（Fifield）对这场使命的真实目的感到很不自在，要求返回“普罗米修斯号”，但却遗迹中迷路。
普罗米修斯侦测到有风暴快速逼近，要求考察队提前结束了考察返回母舰。考察队把外星人的头带到船上进行检验，发现工程师的DNA与人类相符，可是检验引发外星人头部残骸爆炸。大卫秘密地把一个石瓶带到了船上，而遗留的石瓶则开始渗露出黑色的液体。
大卫打开了石瓶研究其中的黑色液体，不久赫洛维走了进来，表示自己为了找到答案愿意付出任何代价，于是大卫有意地将一点黑色液体混入饮料中递给毫无防备的赫洛维喝了下去。之后不久，肖与赫洛维发生性行为，赫洛维隔天在洗手台镜中发现自己眼中闪过黑色异物。
密尔本和费菲尔德在建筑内发现了放有大片石瓶的地方，石瓶中不断地有黑色液体渗出，一条外形像蛇一样的生物咬破了密尔本的防护服并杀死了他，然后喷出一股股腐蚀性的液体熔化了费菲尔德的头盔，后者也倒在一片黑色液体中。其他船员回来后发现了密尔本的尸体，单独行动的大卫发现了一间控制室，里面还有一位尚处在休眠中的幸存工程师及一份目标为地球的星图。
与此同时，赫洛维的身体状况急剧恶化，肖急忙将他送回“普罗米修斯号”治疗，但维克斯拒绝让他上船，争执之下她用火焰喷射器烧死了他。之后大卫为肖运行医疗扫描时发现患有不孕症的肖怀孕了。她害怕这个孩子可能与赫洛维的死有关，于是用船上的自动手术台从腹部取出了一个外形像鱿鱼一样的生物。之后肖发现彼得·韦兰也在这艘船上，他打算请工程师帮助延长自己的寿命，并且他还是维克斯的父亲。
费菲尔德突变成了一只可怕的怪物并攻击了“普罗米修斯号”的机库，杀死了多名船员后才被别的船员所杀。“普罗米修斯号”的船长简尼克（Janek）推测，这个人造建筑是工程师的一个军事设施，而黑色液体则是一种致命的生物武器，其失控导致了设施的荒废，他还相信这个建筑中存在一个航天器。
韦兰与另外几人在大卫的陪同下到达控制室，肖也跟在后面。大卫唤醒了休眠中的工程师，然后开始向对方说明韦兰的期望。没想到工程师竟然扯下了大卫的头，然后杀死了韦兰及其队员，只有肖成功逃脱，然后工程师重新激活了飞船。肖告诉简尼克，工程师的目标是地球，打算在地球上释放那种可怕的黑色液体消灭人类，请他一定要阻止工程师的飞船。
简尼克弹出救生艇，将“普罗米修斯号”朝外星人的飞船撞上去，牺牲了自己和另外两位飞行员。维克斯从救生艇中逃出，但被工程师严重损毁的飞船压死。前往救生艇的肖发现自己的外星人后代还活着，并且已经长到非常大。大卫的头部功能仍然正常，他警告肖那个工程师还活着。工程师强行打开了救生艇的气闸来攻击肖，后者为自保而放出外星人后代，工程师虽然极力挣扎，但还是被制服，被怪兽的产卵器刺入喉咙。
肖找到了大卫的残骸，大卫表示可以协助肖利用另一艘外星人太空船回到地球，因此带着大卫被分离的身体及头部，前往另一艘太空船，并要大卫协助前往外星人的母星，询问为什么要毁灭人类；在离开时，肖发出警告消息不要前往本消息的发射地星球，该星球已无人生还。
在肖离开该星球后，救生艇上遭异形生物寄生的外星人胸口钻出一只异形。
扩展资料：
《普罗米修斯》影片的故事背景设定在21世纪，剧情围绕一艘名为“普罗米修斯号”（Prometheus）的太空船及其船员展开，他们根据从多个地球古文明文物中发现的星图前往外太空寻找人类的起源。然而当他们到达一个遥远的世界后，却发现了可能导致人类灭绝的威胁。
本片的开发早在21世纪初就已经开始，原本的计划是作为《异形》系列的第五部电影作品。斯科特与另一位导演詹姆斯·卡梅伦拓展出思路，为前者于1979年推出的科幻恐怖片《异形》制作一部前传。但因2003年的《异形大战铁血战士》抢占了先机，所以本片的发展一直处在休眠状态。直至2009年，斯科特再次对原先的拍摄计划表现出兴趣。
斯派茨撰写了一个《异形》系列电影前传的剧本，但斯科特选择了不同的剧情发展方向，以免与之前的电影在线索上出现重复。2010年末，林道夫加入进来对斯派茨的剧本进行改写，他和斯科特一起开发了一个既发生在《异形》之前，又与该系列没有直接联系的故事。根据斯科特的说法，虽然影片的故事和《异形》发生在同一个宇宙，并且情节从一定程度上来说也与《异形》存在千丝万缕的联系，但《普罗米修斯》探索的仍然是其独立的神话和理念。
