从待遇上看，理论上说，两者完全是不同的，正式编制强于非编的太多。工资标准／福利标准都执行不同的规定。这点在退休后的待遇就会更明显。
而在实际上，很多单位因为工作需要，特别是混合使用不同编制人员的单位，往往把待遇搞成一样，以利于调动员工积极性，但这只是单位的搞法，换个领导也可以更改，或者有关领导机关要求改正也可以轻易地就改变了这种状况。
如果你想调动到另一个事业单位，你的企业编制肯定就不行了，当然，你不在编制的临时工就更不行了。
当然，现在事业单位也搞聘用制，是签合同的。但不管怎么说，人事局管的就是事业编制的人员及他们的待遇（包括退休）。
最后，说说档案，目前多数改革后的事业单位对新进的人员，包括事业编制的人员已经在审查档案后，交给人才中心保管了。
所以，档案的保管不能说明什么问题。关键是身份完全不同，待遇从道理上是不同的。
1.由于传统体制观念作怪，“体制外”员工的地位不高，相应地“体制外”人才就有压抑感。
2.机关事业单位中“不在编”的群体，在目睹本单位的“在编人员”一个个有了自己的房子，升职或被授予重任、外派学习，虽然自己能力与之不相伯仲甚至更强，但却因为不在“体制内”而不能享受。
3.不稳定感、漂泊感油然而生，也可能在面临着巨大的压力不乏干劲的同时，却也因缺乏可预期的上升通道而动力不足。
4.首先，必须承认的是，针对体制内、外的职工实行差别待遇、“内外有别”、对劳动者不能一视同仁的制度性歧视一直而且普遍存在。
5.基于原有的计划经济体制，劳动关系调整的对象主要是国有和集体企业的职工，也就是所谓的体制内的职工。
6.而随着市场经济的不断确立，大量的体制外职工出现了，如私营企业和外商投资企业的职工以及大量涌入城市的外来务工人员，企业为了降低这部分员工的用工成本，对其实行差别待遇。
7.后来各地还制定了许多针对这些体制外职工的规定，从而巩固了这种制度性歧视。
8.根据我国《宪法》“法律面前人人平等”的原则，所有的劳动者都应当平等的适用劳动法的规定。但是在实践中，许多劳动者不能得到平等保护，受到各种制度性歧视、非制度性歧视待遇。
