1、定义不一样。
国家级新区是由国务院批准设立，承担国家重大发展和改革开放战略任务的综合功能区。新区的成立乃至于开发建设上升为国家战略，总体发展目标、发展定位等由国务院统一进行规划和审批。
国家级开发区是指由国务院批准在城市规划区内设立的国家级经济技术开发区、国家级高新技术产业开发区、国家级旅游度假区、国家级保税区等实行国家特定优惠政策的各类开发区。
2、功能不一样。
国家级新区侧重着眼于区域的发展规律，布局更多的会考虑通过新区的建设带动区域的发展，成为一个区域的增长极，改变整个区域的发展态势。
国家级开发区侧重于产业发展的规律又着眼于区域发展规律。特别是在上世纪八九十年代的时候，不同的产业之间如何互补，突出产业的集聚优势，政府都要发挥较大的作用。
3、首次设立时间不一样。
国家级新区首次设立时间为1992年10月，上海浦东新区成立。
国家级开发区首次设立时间为1984年设立的国家级经开区。
4、数量不一样（截至2018年12月）。
国家级新区总数共有19个。此外，还有武汉长江新区、合肥滨湖新区、郑州郑东新区、南宁五象新区等地区在申报中。
国家级开发区共有219个，内地每个省区均有分布，其中江苏省最多，有26家，其次是浙江省21家，山东省15家。
5、成立背景不一样。
国家级新区是在新的发展背景下，对特定区域的发展做出重新定位，在进一步整合资源的基础上，发挥该区域的潜在比较优势和竞争优势。
从而解决长期以来困扰中国经济的产业结构同构和产能过剩困局，进而优化产业布局，提升产业能级，提高经济发展的质量和效益。
国家级开发区设立一是接纳国际资本和产业转移的需要。初衷主要是吸引外资、引进先进的制造业，扩大出口创汇，替代先进材料和零部件的进口。
二是特区成功经验的推广和放大。在沿海城市设立经济技术开发区是特区试验成功后对外开放战略的组成部分。三是充分发挥沿海港口城市的优势，将对外开放与发挥国内工业基础相结合的尝试。
6、区域行政机构规格不一样。
国家级新区的行政级别通常为副省级，部分为正厅级。（注：珠海横琴新区规格为副厅级。）
国家级开发区为所在地（直辖）设区的市以上人民政府的派出机构，拥有同级人民政府的审批权限。
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