第一，区域经济的发展。各具特色的区域经济的发展是明清时期中国经济发展的一个重要内容和特点。中国地域辽阔，南北东西自然条件差异很大，发展背景各不相同。明清时期各区域的发展轨迹与特点也有较大的差异，从而形成几个颇具特色的经济区。
1.高效农业与丝、棉纺织业并重的江南经济。以太湖平原为中心的江南，自唐宋以来一直是全国经济最发达的地区。明清时期江南的发展主要是合理利用现有农业资源，进一步提高生产的集约化程度。高投入高产出的农业经营方式是江南经济的特色之一；农副产品加工业，特别是丝、棉纺织业的发达是江南经济的又一特色；市场发育起步较早，以农副产品加工、集散为主的市镇密布；城镇人口和非农业人口比例较高，其都市化程度远远走在全国前列。
2.以外贸为导向迅速崛起的珠江三角洲。珠江三角洲的开发大体始于宋代，虽起步较晚但发展迅速，到清代中叶已跃居全国先进之列。农业生产结构的变化，市场机制的初步形成，经商人口急剧增长，一个以外贸为导向，以转口贸易为中心的经济格局正在逐渐形成。
3.华北平原区。华北平原的冀鲁豫三省地处黄河下游，是中国历史上开发最早的地区之一。12-14世纪的数百年间，这一地区屡经战乱兵燹，经济发展受到破坏，经济地位逆转。进入明代，政府的移民屯垦等项政策使华北平原经济重新崛起，清代又有进一步的发展。明清时期华北平原经济发展主要表现为种植结构的调整、农副产品加工业的兴起和农村集市网的形成。
4.长江中上游地区——全国最大的商品粮输出区。长江中上游地区以江西开发最早，从元末起江西开始向湖广移民。两湖地区的开发正是随着江西移民的大量涌入开始的，明代中叶形成第一次高潮，清代前期为第二次高潮，并进一步推进到四川盆地。“江西填湖广，湖广填四川”，大规模的移民与开发过程相伴随；到清代前期已形成“江浙粮米历来仰给湖广，湖广又仰给于四川”的粮食供求格局。长江中上游地区作为全国最重要的商品粮输出区的确立，不仅提高了其自身的地位，对于江南乃至全国经济的发展也具有重要意义。
此外，清代是我国统一的多民族国家形成时期，清王朝建立之后对边疆地区进行了大力开发和治理。其中，经济效益较著者当属东北平原和台湾。经过近二百年的移民开发，到清代中叶东北和台湾的农业经济都有了长足的发展，成为新的粮食生产基地；农产品加工业、商业等也有了初步发展，从而为以后更大规模的发展奠定了坚实的基础。[1]
第二，商品流通的发展。从明代到清代，全国商品流通的范围和规模均有大幅度的增长，流通格局也有很大的变化。商品流通的发展是明清时期中国经济发展中又一显著特点。主要表现在：
1.流通范围的扩大。明代长时期禁海，长江航运也不甚发达，南北贸易以运河为主干，东西贸易主要局限于长江中下游。清代随着海禁的开放，华北平原、长江中上游诸省的经济发展，以及东北与台湾等新区的开发，沿海、沿江贸易都有大规模的发展。据《中国资本主义的萌芽》一书估计，清代前期我国内河航运里程已达5万公里以上，沿海航线1万公里，基本已达到近代的规模。[2](P271)另一方面，随着清代国家版图的扩大和边贸的发展，新疆、蒙古与内地的贸易也有大规模的发展，山西商人开辟的从蒙古草原直抵俄罗斯的北疆陆路贸易线亦达万里之遥。
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