2008年以后原有高新技术企业认定流程发生改变，以前由各省科技厅（科委）负责认定发证改为全部由国家科技部火炬中心负责认定、发证，因此统一称为国家高新技术企业。个别地方有所谓的地方高新技术企业。另外，在获得国家高新技术企业之后，特别突出的企业还可以经地方科技主管部门推荐、国家科技部火炬中心认定称为国家重点高新技术企业。
高新技术企业在国家层面是国家科技部火炬中心管理，在地方是地方科技厅或科委管理，有些省市是地方科技厅交给地方生产力促进中心代理行使职权进行管理，并非由什么“国家生产力促进中心统一管理”。
