不会引起混乱。只要你硬盘没问题,可以直接连接到主板上的SATA接口。
因为你新、旧硬盘上都有系统,需要把新硬盘,你安装了新电脑系统的硬盘安装在主板SATA第1个接口,主板上和主板说明书书上都有标示,旧硬盘随你接在其他SATA的其他接口都可以。
也可以不分主板上的SATA接口,直接随便连接一个接口, 但需要在开机时进入BIOS设置,在硬盘SATA选项中,选择把安装了新电脑系统的硬盘设置为优先启动,或第一启动项。
实际使用过程中,接在那个SATA接口都不会影响硬盘启动,引导进入系统。但是将新系统硬盘接在第一个SATA接口,相对来说可以减少主板寻找硬盘的的时间,从而相对来说加快硬盘引导进入系统的速度,但基本可以忽略不计。