这部影片主要讲的是奥特曼与为保卫光之国所发生的战争。奥特曼的故乡M78星云“光之国”遭到神秘敌人的攻击。年轻的赛罗奥特曼因为骄傲自满而陷入危机。
在父亲赛文奥特曼以及其他战士们的帮助下，赛罗得以脱险。惭愧的赛罗自告奋勇单独前去探查敌情，他带着父亲赠予的万能手镯踏上了未知的宇宙之旅。一路坎坷的赛罗来到了一个陌生的星球，在那里他遇到了一名叫作岚的青年。岚为了拯救同伴与巨型机器人兵团作战负伤濒亡。赛罗被岚的勇气感动并与之同化，救了岚的性命。
赛罗从艾丝美拉达星的艾美拉娜公主那里得知了敌人的真实身份。原来神秘敌人的幕后黑手是皇帝贝利亚。邪恶的贝利亚奥特曼曾被正义的奥特曼战士们打到，如今他复活于世，建立起强大银河帝国，意欲称霸宇宙，并发誓要向奥特曼战士复仇。为了粉碎敌人的野心，赛罗与岚的弟弟小治、艾美拉娜公主一起坐上宇宙飞船，向银河帝国发起了挑战。
