2016年，中国足协与国家体育总局脱离，此前足管中心、足协一套人马、两块牌子的格局被打破掉。脱离国家体育总局的管理，意味着足协开始恢复到原本的职能定位，既是团结全国足球组织和个人共同发展足球事业、具有公益性质的社会组织，又是根据法律授权和政府委托管理全国足球事务、具有公共职能的自律机构，承担了体育部门在足球领域的管理责任。
相比于上诉职能定位上的变革，更多人关注的是一些关于足球的资产如何处理。毕竟足协只能再怎么变，官方性质也好，民间团体性质也好，只有合理分配足球资产才是核心问题。
中国足协换个牌子就成为了民间性质，可中超公司却还是老样子。中超公司是中国足协下属的一家有限责任公司，并直接对中超联赛的各大股东负责。它实际上所做的工作就是，负责给足协和各大俱乐部赚钱，在扣除每年的运行费用之后，剩下的钱则交给股东进行再分配。这就是中超公司的具体任务，负责收钱和分钱。
2005年10月24日国家体育总局批准成立“中超联赛股份公司”，经过一段时间酝酿后，中超联赛公司由中国足协与16家中超俱乐部共同出资组建，在国家工商总局登记的企业法人组织。
其组织结构是股东会、董事会、经理层、监事会，经理层下设办公机构，实行股东会、董事会民主决策，董事会、经理层规范执行，监事会进行监督的法人治理。
中超公司的股权结构是中国足协出资36%，16家俱乐部出资64%（每家4%），中国足协拥有对修改公司章程和变更公司性质或公司解体等重大问题的否决权，不拥有对选举和一般决议的否决权和单独通过权。相对来说足协在中超公司占的股份太大，所以足协对中超公司具有实际上的控制。
当时为方便管理中超成立了中超公司来专门管理运营职业联赛，以显示足协开始去行政化，让专业机构来管理，如今足协开始全面脱离体育总局，已经不再需要这个去行政化的过度产物了，可中超公司事实上还在发挥作用。
现在伴随着中超赛事的火爆，由中超公司代劳的模式已经满足不了俱乐部的诉求，因为中超联赛已经不再是当年那个扶不起来的阿斗，如今已经成长为备受资产关注的热门资源。
其实，中超每家俱乐部拿到中超公司的分红并不多，对于每家俱乐部的收支平衡贡献不大。一年几百万上千万的分红都不够各俱乐部塞牙缝的钱。
