瓦罕走廊历史上曾是欧亚大陆地区的古丝绸之路的一部分，是华夏文明与印度文明、中亚文明、波斯文明和欧洲文明交流的重要通道。早在公元前6世纪中后期这里就曾经是兴起于伊朗高原的西南部的古波斯帝国（前550～前330）极东部地区，公元前4世纪，来自欧洲东南部的巴尔干半岛的马其顿的亚历山大东征中亚、南亚的时候也是绕过这里到达印度西北部的。公元399年，东晋僧人法显从长安沿古丝绸之路西行求佛，归来后著有《佛国记》。法显在书中描述经过葱岭的路程是“上无飞鸟，下无走兽，四顾茫茫，莫测所之，唯视日以准东西，人骨以标行路”。
公元627年，唐朝高僧玄奘启程赴天竺（古印度）那烂陀寺，途中经过瓦罕走廊，并于公元645年返回长安，将其所见所闻写成《大唐西域记》。
公元747年，唐朝大将高仙芝率轻骑通过瓦罕走廊灭小勃律国，重新打通丝绸之路，但随后这一带又被兴起于西南亚地区的大食国和兴起于青藏高原地区的吐蕃、后向青藏高原西北部地区的葱岭（帕米尔和喀喇昆仑诸山）给占领，从此唐朝的疆域退出这一带。
19世纪末，由于俄罗斯帝国的侵略扩张，中俄两国曾在包括瓦罕走廊在内的整个帕米尔高原发生争端。同时，俄、英两大帝国由于在中亚内陆地区争夺势力范围，也不断在阿富汗地区发生冲突。为避免进一步的冲突，1895年3月11日，英俄签订了《关于帕米尔地区势力范围的协议》，划定两国在帕米尔的势力分界线，将兴都库什山北麓与帕米尔南缘之间的狭长地带划作两国间的“隔离带”，这条“缓冲地带”就是瓦罕走廊。
1963年11月22日，时任中国外交部长陈毅和阿富汗内务大臣阿布杜·卡尤姆在北京签订了《中华人民共和国和阿富汗王国边界条约》，对包括瓦罕走廊在内的边界进行了划分。依照该协议，两国边界线南起海拔5630米的雪峰，北至海拔5698米的克克拉去考勒雪峰。此边界线是全世界时差最悬殊的陆地边境（阿富汗和中国相差3个半时区），也是全世界海拔最高的陆地边境之一。
20世纪90年代中期以来，塔利班控制着阿富汗90%以上的国土，但瓦罕走廊一直由北方联盟控制，远离阿富汗战火，因此不存在难民问题。
