二者不同，使用范围不同，发票专用章不可替代财务专用章。
一、发票专用章是指用发票单位和个人按税务机关规定刻制的印章，印章印模里含有其公司单位名称、发票专用章字样、税务登记号，在领购或开具发票时加盖的印章。中国税印章的尺寸：40X28mm，地税印章尺寸：45X30mm。发票专用章的字体要求使用简化的宋体。
发票专用章是指企业、单位和个体工商业户购买和开具发票时须加盖“发票专用章”。
根据《中华人民共和国发票管理办法》第二十三条 开具发票应当按照规定的时限、顺序，逐栏、全部联次一次性如实开具，并加盖单位财务印章或者发票专用章。
《国家税务总局关于修订<增值税专用发票使用规定>的通知》（国税发[2006]156号）第十一条 专用发票应按下列要求开具：
（一）项目齐全，与实际交易相符；
（二）字迹清楚，不得压线、错格；
（三）发票联和抵扣联加盖财务专用章或者发票专用章；
（四）按照增值税纳税义务的发生时间开具。
二、财务专用章又称财务印鉴章，适合财务章须硬质的材料如：牛角印章、黄铜印等。字体为宋体和隶书，印章尺寸大小由各市、县地方税局确定。
正方形的财务专用章是对外使用需要备案的章，要到“中国人民银行”预留公司公章的印鉴和该印鉴，并要到公安机关备案，是对公司一个最基本的保障。内部所使用的财务专用章只是公司内部所使用，也需要到公安部门申请备案。
2011年开始备案制度有所改变，财务专用章除了上述的要求外还需要把税号进行备案，并且财务专用章要求必须将公司的税号与公司名称等信息表现一起。
用于单位或集团内内部的现金、银行收付业务（内部借款、往来结算）；单位对外的现金、银行收付业务（预留银行印鉴、支票、汇票、业务委托书等）、以及其他外部业务（如工商部门备案等用途）等。
