水箱和发动机一样，都有外部和内部两个清洁内容。水箱外部的清洁一般集中在春夏交接之际，因为经过一年的使用，汽车的水箱部位会堆积很多灰尘，甚至树叶、塑料布等，特别是经过了柳絮纷飞的季节之后，柳絮会大量堆积在水箱上。而水箱的工作目的是用来冷却发动机的，这些堆积物会大大影响水箱的冷却效果，甚至造成高温引发发动机故障等。所以一般在夏季来临之前，汽车就应该做一次水箱外部的全面清洁。
水箱的内部是和发动机连通的，这里流淌着发动机循环过来的冷却水，如果汽车冷却系统，使用的是普通的自来水做冷却介质，会导致发动机水套和水箱壁上沉积水垢。由于水垢的导热性能差，会造成水箱散热不良，甚至影响发动机正常工作，因此当发现水箱的冷却效果不太理想的时候，必须及时清除水箱中的水垢。
水箱表面的清洁和其它地方不太一样，因为水箱清洁要采用高压气泵，用高压空气吹出缝隙中的杂质，而不是一般的用水清洗。这种清洁方式最好找到不妨碍别人的空地上，以免吹出的灰尘形成二次污染。对于内部的清洗主要是清除水箱壁上沉积的水垢，清除水箱水垢的方法主要是采用化学方法，即通过酸性或碱性物质与水垢作用，使水垢转化成可溶于水的物质而被清除。在选用酸或碱溶液时，应考虑水垢的性质、清除水垢的效果，以及对清洗件是否有腐蚀作用等因素。要避免水垢的产生，就要注意水箱冷却液的选用。好的防冻液不仅是低凝点，而且能抑制泡沫、防锈、防电解和防水垢等等，所以建议车主最好使用专业的冷却液。
