《文化苦旅》是余秋雨的代表作。《文化苦旅》以余秋雨在全国各地的文化遗迹之地的游览过程为线索，以深刻思想和极具震撼力的语言，揭示中国文化内涵，考问历史和人生的深层意义。《文化苦旅》向读者展示了余秋雨渊博的文学和史学功底以及丰厚的文化感悟力和艺术表现力，为当代散文领域提供了崭新的范例。
《山居笔记》1995年
《山居笔记》一书的写作，始于一九九二年，成于一九九四年，历时两年有余。为了写作此书，作者辞去了学院的行政职务，不再上班，因此这两年多的时间十分纯粹，几乎是全身心地投入。投入那么多时间才写出十一篇文章，效率未免太低，但作者的写作是与考察联在一起的，很多写到的地方不得不一去再去，快不起来。有一次为了核对海南岛某古迹一副对联上的两个字，几度函询都得不到准确回答，只得再去了一次。这种做法如果以经济得失来核算简直荒诞不经，但文章的事情另有得失，即所谓“得失寸心知”，为学严谨的态度可见一斑。
霜冷长河
《霜冷长河》1999年
书中收录了关于友情、名誉、谣言、嫉妒、善良、年龄等经典之作。这些作品风格平实自然，行文简洁流畅，充分显示了作者深厚的文字功底和丰富的人生阅历，以及对社会现实和真实人性的深入思考。
《千年一叹》2000年
《千年一叹》
以日记体的形式记录了作者在千年之交随香港凤凰卫视“千禧之旅”越野车跋涉四万公里的经历。
在“千禧之旅”即将结束之时，作者写下这样的一段话：“四个月冒险奔波，天天都思念着终点。今天我们到了，回头一看，却对数万公里的尺尺寸寸产生了眷恋。那是人类文明的经络系统，从今以后，那里的全部冷暖疼痛，都会快速地传递到我的心间。”
行者无疆
《行者无疆》2001年
《行者无疆》记录了作者走过欧洲26个国家96个城市的旅程中全部感受，为一部考察西方文明的随笔集。
晨雨初听
《晨雨初听》2001年
《晨雨初听》收有《青年人的阅读》、《寻找文化现场》、《一个王朝的背影》、《遥远的绝响》、《最后的课程》、《人生的最后智慧》等文章。
借我一生
《借我一生》2004年
《借我一生》
是余秋雨对中国文化界的“告别之作”，涉及他和他的家族诸多不为人知的经历，还描绘了记忆中文革时“大揭发”、“大批判”的整人模式……从前辈到自己，作者以平实、真实的记忆组成一部文学作品。
“我历来不赞成处于创造过程中的艺术家太激动，但写这本书，常常泪流不止。” ——余秋雨
笛声何处
《笛声何处》2004年
中国历史充斥着金戈铁马，但细细听去，也回荡着胡笳长笛。只是，后一种声音太柔太轻，常常被人们遗忘。遗忘了，历史就变得狞厉、粗糙。这本书要捕捉的，就是曾经让中国人痴迷了两百年之久的昆曲的笛声。在《笛声何处》当中，余秋雨依旧以其一贯的文化的视角、散文的风格，关注的则是另一种历史的、音乐的非物质的文化。余秋雨称，《笛声何处》的创作准备早在12年前就已经开始了。当时，《文化苦旅》还没有进入台湾，余秋雨赴台所到之处的一系列活动，均是以昆曲学者的身份受到接待的。
寻觅中华
《寻觅中华》2008年
纵观《寻觅中华》全书，并没有多少优美的词句和华丽的辞藻，其间多的是睿智的语言，以及一则则通俗的故事。余秋雨也很少对山水名胜作具体的描述，往往是笔锋一转，人为地构造出了一幅幅浓郁而又深沉的人文图景，紧跟着便进入了直抒式的咏叹，继而以纵横四海的气势，挥洒着对中国文化的种种遐想和议论。它为每一名读者解读了中华文化的壮阔和黄河文明的盛衰，使读者为文章的情绪所感染，在不知不觉中接受作者发自内心的感悟，从而以一种崭新的姿态去思索人生、思索未来。
余秋雨先生全新版的《文化苦旅全书》共分六册。首批推出有关中国的两本《寻觅中华》和《摩挲大地》。
摩挲大地
《摩挲大地》2008年
《摩挲大地》
《摩挲大地》一书，精选了《文化苦旅》、《山居笔记》中的一些著名篇章，但每一篇都由作者本人进行了大幅度的精心修改。书中的后半部分有关边远地区少数民族生态的文章都是第一次发表。全书230千字。
从此，余秋雨的全部文化散文著作，均以这套书的文字和标题为准，之前的所有的版本不再印刷，免误读者。
问学余秋雨
《问学余秋雨》2009年
近十余年来，余秋雨先生一直在以亲身历险的方式考察着中华文明和世界文明，考察成果通过电视和书籍在全球华文界造成巨大影响。本书渊源就是余秋雨老师
《问学余秋雨》封面
在凤凰卫视主持的文化类座谈节目《秋雨时分》。但在主持完《秋雨时分》之后，秋雨老师并没有匆忙推出改编版的相关图书，而是历时两年，几乎是逐字逐句精心完善和重新创作后，才郑重推出本书。
余秋雨老师将带领读者深入探讨东方及中国各个时代的文化精髓，同时结合文化和电视传媒的传播威力，将极大地激发读者对中国古代文明的探究的欲望。
我等不到了
《我等不到了》2010年
我等不到了
余秋雨在《我等不到了》开篇即说明了创作此书的初衷：“七年前，我写了记忆文学《借我一生》。没想到，这本书出版后在很多长辈、亲友、同事、邻居间引发了一场回忆热潮。他们不断向我指出需要补充和更正的地方。连一些以前并不认识的读者，也转弯抹角地为我提供各种参考资料。一位教授对《借我一生》提出了严厉的批评。他说‘什么一生，你和妻子近十多年的经历最为惊心动魄，但你显然顾虑太多，写得不清不楚。’他的批评很对，中国文学不应该违避当下的切身磨难，因为这不仅仅是自己的遭遇。写下来才发现，真实，比文学还文学。”
余秋雨说：“很多与我有关的人，都死去了。我很想与他们说话，不管他们能不能听到。于是就有了眼前这本书——《我等不到了》。
《我等不到了》以平静的语调叙述了家族的历史，曾祖父、曾外祖父从浙江慈溪出发，闯荡上海滩，祖父、祖母、外祖父、外祖母、父亲、母亲、姨妈、叔叔、“我”以及妻子马兰，众多家族人物的一生，在近一个世纪历史的光影中沉浮；文革中表哥益生和叔叔之死，折射了畸形年代里的畸形命运，平静的叙述中蕴涵着悲壮的集体挣扎。余秋雨介绍说，这是一部具有象征意义的作品，一部深入灵魂的“中国读本”。它告诉读者，在你们出生之前，父辈们有过什么样的精神历程，这种精神历程又如何渗透到今天，成了你们的生存背景。
《我等不到了》是余秋雨用笔一字一句写出来的，因此他将此书珍惜地称为“纯手工写作之记忆文学”。余秋雨说：“也许这个奇怪的名称能够引发读者的一种想象：一个上了年纪的男人握笔支颐，想想，写写，涂涂，改改，抄抄，再把一页页手稿撕掉，又把一截截稿纸贴上。这种非常原始的‘纯手工写作’，与‘记忆’两字连起一起，真是再合适不过的了。”
从北大到台大
《中华文化四十七堂课：从北大到台大》一书的主体内容是余秋雨先生以整整一年时间，为北京大学中
文系、历史系、哲学系、艺术学院的部分学生，开设的一门课程，内容是中华文化史。它与大学规范的文化史课程不同，只探讨一个现代人应该对漫长的中华文化史保持多少记忆。本书采用了一个新颖的形式来解读中华文化，即采用课堂讨论的形式，再加上课后与学生间的“闪问”、“闪答”，使这本书精彩纷呈而明白晓畅。对于中华文化史的讲述，这本书也不是按部就班地泛泛而谈，而是以点带面。对于文明早期特别强烈的文化亮点，在余先生看来，它安顿了中华文化的精神魂魄，重点论述；而对于后期那些漫长的历史走廊，则快步走过。这是余秋雨心中的一部中华文化史，也是一部充满强烈色彩感的中华文化史。余先生以其饱学和情感，向国人传递文化记忆，以人类四大古文明中保留最完整也最璀璨的中华文化，敲响世界文明之钟。《中华文化四十七堂课：从北大到台大》一书繁体版2010年在台湾出版，在华语世界引起轰动。
