这要先确认以下你所说得“公司名称已变更”的具体含义。
如果是对方主体没有改变，还是原来那家公司，只是变更了名称，比如由AAA公司更名为ABB公司，那么，补充协议可以这样签订：
甲方：*****公司
乙方：ABB公司（原名AAA公司）
甲方乙方于 年 月日签订了***合同（简称“原合同”），乙方于年月日名称变更为AAA公司（工商局变更注册证明文件见附件）。
。。。。。。。。。。。。。
。。。。。。。。。。。。。
附件一：乙方变更名称后新的营业执照复印件
附件二：乙方变更名称的工商变更注册证明文件
以后你们签订合同就用乙方的新名称和他签订即可。
但是，如果乙方是换了一家公司，不是名称变更，就不能按以上方式操作了。
