安吉建县于东汉灵帝中平二年（公元185年），至今已有1800多年历史，汉灵帝赐名“安吉”，源自《诗经·无衣篇》中诗句“岂曰无衣，七兮，不如子之衣，安且吉兮”。
安吉更早的历史可追溯到秦朝设置故鄣县。据《越绝书》记载，秦始皇于三十七年（公元前210年）东游会稽，“徙大越民置余杭、伊攻、故鄣。”当时故鄣县幅员辽阔，大致包括现在安吉县全境、长兴县西南一部和安徽省广德县全境、郎溪县一部。故鄣县开始属鄣郡，后来属丹阳郡。鄣郡以故鄣县治为郡治，治所在今安吉县境内，是浙江全省境内出现最早的郡级治所。直到西汉元狩二年，即公元前121年改为丹阳郡，才将郡级治所迁往宛陵（今安徽省宣州市）。由于安吉以前在故鄣县南境，所以有人称安吉为鄣南。
三国吴宝鼎元年（公元266年），安吉属新设的吴兴郡。隋开皇九年（公元589年）废郡并县，安吉县被撤，并入绥安县。绥安初属宣州，仁寿二年（公元602年）又改属湖州。义宁二年（公元618年）复置安吉县，属吴兴郡。唐武德四年（公元621年），安吉改属桃州。武德七年，安吉县又被撤销，并入长城县（今长兴县），属湖州。唐映德元年（公元664年），复置安吉县。安吉县经过七十多年的撤而复设，从此稳定下来。
由于安吉曾属桃州，安吉历史上留下了不少关于桃州的记载。唐代大诗人皎然曾赠诗与安吉康丞，诗云：“君吏桃州尚奇迹，桃州采得桃花石”；安吉最早地方志撰写于明代，名曰《古桃志》；民国期间，安吉县城被称为“桃城镇”。
宋元两代，南宋宝庆元年（公元1225年）改湖州为安吉州，元至元十三年（公元1276年）改安吉州为湖州路，安吉仍分属安吉州和湖州路。元至正十八年（公元1358年），安吉属长安州（后改为长兴州）。至正二十七年，又属湖州府。
明朝建立后，朱元璋因湖州府地方势力助张士诚长期抵抗，特加重湖州府赋税，以致民不聊生，据历史记载：“毙于桎梏，殒于囹圄，自投于沟壑者不可胜数。”明成化二十三年（公元1487年），经湖州知府王瑄上疏奏准，分安吉县南境九乡置孝丰县，并将长兴县的荆溪、顺零、晏子三乡划归安吉。明正德元年（公元1506年），朝廷升安吉为州，次年领孝丰一县。直到清乾隆三十九年（公元1774年），降安吉州为县。安吉设州的时间有268年。
明清时期，安吉一直属湖州府。民国初年，废府设道，安吉、孝丰两县同属钱塘道；民国16年（公元1927年）道废，直属浙江省；后又相继归属浙江省第三行政督察区、浙江省第六特区行政督察区、浙江省吴兴行政督察区、浙江省第一行政督察区、浙江省第二行政督察区、浙江省第九行政督察区。
中华人民共和国成立后，安吉、孝丰两县属浙江省第九专区（即临安专区）。1953年，改属嘉兴专区。1958年孝丰并入安吉时，仍属嘉兴专区（1970年改称嘉兴地区）。1983年7月，撤销嘉兴地区设立湖州、嘉兴两市后，安吉属湖州市至今。
