业绩提成5万还要扣除企业所得税，是不合理的，企业所得税是向企业征收的，并不向个人征收，业绩提成是需要缴纳个人所得税的，业绩提成的扣项是根据签订的劳动合同或协议来规定的，如果企业违规操作，可以申请劳动仲裁。
根据《中华人民共和国企业所得税法》第一条 在中华人民共和国境内，企业和其他取得收入的组织（以下统称企业）为企业所得税的纳税人，依照本法的规定缴纳企业所得税。 个人独资企业、合伙企业不适用本法。
第二条 企业分为居民企业和非居民企业。 本法所称居民企业，是指依法在中国境内成立，或者依照外国(地区)法律成立但实际管理机构在中国境内的企业。 本法所称非居民企业，是指依照外国（地区）法律成立且实际管理机构不在中国境内，但在中国境内设立机构、场所的，或者在中国境内未设立机构、场所，但有来源于中国境内所得的企业。
扩展资料：
《中华人民共和国个人所得税法实施条例》第六条 个人所得税法规定的各项个人所得的范围：
（一）工资、薪金所得，是指个人因任职或者受雇取得的工资、薪金、奖金、年终加薪、劳动分红、津贴、补贴以及与任职或者受雇有关的其他所得。
（二）劳务报酬所得，是指个人从事劳务取得的所得，包括从事设计、装潢、安装、制图、化验、测试、医疗、法律、会计、咨询、讲学、翻译、审稿、书画、雕刻、影视、录音、录像、演出、表演、广告、展览、技术服务、介绍服务、经纪服务、代办服务以及其他劳务取得的所得。
（三）稿酬所得，是指个人因其作品以图书、报刊等形式出版、发表而取得的所得。
（四）特许权使用费所得，是指个人提供专利权、商标权、著作权、非专利技术以及其他特许权的使用权取得的所得；提供著作权的使用权取得的所得，不包括稿酬所得。
参考资料来源：百度百科——中华人民共和国企业所得税法
