气候日本全国横跨纬度达25°，南北气温差异十分显著。北海道与本州的高原地带属亚寒带，本土地区属温带，而冲绳等南方诸岛则为亚热带。此外，日本所处位置令她受到季候风及洋流交汇的影响，因此四季分明、降水充沛。
日本可分为六个气候区，分别是：
北海道气候
北海道不受梅雨的影响，降雨量较日本其他地方为少。夏季短暂且凉爽；冬季漫长而寒冷。
日本海侧气候
范围为本州岛西部海岸地区。冬季受西伯利亚高气压所控制，吹西北风。同时由于暖流对马海流在冬季通过日本海而带来大量水汽，因而常有豪雪。夏季降水较少，有时因焚风而会出现异常高温。
中央高地气候
典型的内陆性气候，冬寒夏凉，冬季与夏季及昼夜之间温差很大，降雨量少。
太平洋侧气候
包括了本州东海岸、南四国和九州大部分地区。夏季受东南季风影响，梅雨强台风多。冬季则降雪较少。
濑户内海式气候
包括了山阳地方、北四国、近畿与九州局部地区。这里天气常是晴天，降雨量少，不时遭受旱灾之苦。
南西诸岛气候
范围为琉球群岛。属于亚热带气候，夏季炎热冬季温暖。降雨量大。夏季常受台风吹袭。
日本是世界上降水量较多的地区。主要原因包括了日本海侧地区冬季的降雪；6、7月（冲绳、奄美为5、6月）间连绵不断的梅雨；以及夏季到秋季登陆或接近日本的台风。日本有记载的最高温度纪录是40.9度，于2007年8月16日在崎玉县熊谷市和岐阜县多治见市测得；有记载的最低温度纪录是-41度，于1902年1月25日在北海道旭川市测得。
