1、意思不同
银行保函又称“银行保证书”、“银行信用保证书”，简称“保证书”，银行作为保证人向受益人开立的保证文件。银行保证被保证人未向受益人尽到某项义务时，则由银行承担保函中所规定的付款责任。
投标保证金是指投标人按照招标文件的要求向招标人出具的，以一定金额表示的投标责任担保。其实质是为了避免因投标人在投标有效期内随意撤回、撤销投标或中标后不能提交履约保证金和签署合同等行为而给招标人造成损失。
2、方式不同
投标保证金是现金，要达到招标单位的账户上,等投标结束后对方会将现金退回。而银行保函是以银行作为担保 出具的一种保证你们单位有投标资格的资料。至于是否要将保证金存入银行我不太清楚 应该是看你们在银行的评级是多少了 我们公司在银行出具保函是不需要存保证金。
3、规则不同
银行保函是指投标人向招标人递交投标书时，必须随附银行保函。而投标保证金则是投标人随投标文件一同递交给招标人，交付一定金额的投标责任担保。
投标保证金是你交到招标方，钱打到对方账户，投标结束后再让对方退回。银行保函是你以公司名义在银行存入保证金，银行出具保函给招标方，投标结束后你向对方要回保函然后到银行取回保证金。
参考资料：
