清朝沿用明代内阁制，但内阁受制于议政王大臣会议，只是转达表章的机构，大学士并不入阁办事。
南书房、军机处的兴起
康熙时，议政王大臣会议的权力被大部剥夺，决策多由南书房作出。康熙于大臣中简任若干入值南书房，参与机务。但南书房不是正式机构，也不能行文或指挥其他衙门。 雍正时设“军机处”，有军机大臣三人至六人、军机章京若干人，成为权力中枢，皇帝的诏令多由军机处发出。但有清一代，正式诏书等均以内阁名义拟出，臣下正式奏章也递交内阁，所以内阁仍是清代名义上正式的宰相机构。
三殿三阁大学士
大学士的名称前要改加殿、阁衔，数目为六人。最初明朝大学士共“四殿”、“两阁”。四殿者，中极殿大学士（原为华盖殿），建极殿大学士（原为谨身殿），文华殿大学士，武英殿大学士。两阁者，文渊阁大学士，东阁大学士。清朝称“中和殿大学士”、“保和殿大学士”、“文华殿大学士”、“武英殿大学士”、“文渊阁大学士”、“东阁大学士”。 乾隆年间改“中和殿 保和殿大学士傅恒
大学士”为“体仁阁大学士”，成为“三殿三阁”。
