一、只发生增值税发票联丢失的处理方法如下：
发生丢失发票的，持IC卡到国税机关发票管理窗口领取刊出登记表，办理电子发票退回手续。登记表上要写明专用发票份数、发票号码、是否盖章等情况。
在发票使用所在地的国税税务机关指定的报社办理发票遗失声明.
报纸刊出后携带应提交资料（报纸报道的遗失声明）递交发票管理窗口
发票管理窗口办理发票缴销等事项。
二、发生增值税发票联和抵扣联丢失的处理方法如下：
购货方将销货方已开具专发票的发票联和抵扣联均遗失，分两种情况，均须由销货方到其所在地主管税务机关出具一份《丢失增值税发票已报税证明单》。
如果丢失前已认证相符的，买方凭销方提供的相应专用发票记账联复印件及销方税所出具的《丢失增值税专用发票已报税证明单》，经买方税所（税局）同意，可作进项税抵扣凭证。
如果丢失前未认证的，买方凭销方提供的相应专用发票记账联复印件到主管税务机关进行认证，认证相符的凭该专用发票记账联复印件及销方税所出具的《丢失增值税专用发票已报税证明单》，经买方税所（税局）同意，可作进项税抵扣凭证。
注意：如果发票是在当月遗失，销方主管税务机关不得开具《丢失增值税专用发票已报税证明单》，须在次月销货方报完税后才能开具。
