农村合作医疗是面向农村居民为参保对象的基本医疗报销，医保是以在职职工或城镇居民为参保对象的基本医疗保险，前两者都属于社会医疗保险；保险公司的医疗保险属于商业医疗保险，参保对象非常广泛，由于农村合作医疗和医保及保险公司的信息是不互通的，实践当中，三者是可以同时参保的，但是在报销当中会有冲突的。
农村合作医疗和医保是有冲突的，因为不管是在农合报销或者是在医保报销，报销后报销单位会收取医疗费用发票的原件或在发票上注明报销金额，另一个报销单位就会拒绝报销。如参保新农合或医保任意一种，同时参加商业医疗保险的，只能先在农合或医保报销后，可持发票复印件再到保险公司申请理赔，保险公司仅对农合或医保报销后的剩余部分进行理赔；如果先到保险公司申请理赔，保险公司收取发票原件，农合或者医保不认可发票复印件，会拒绝报销。
建议参考当地农合或者医保的报销政策和报销比例参保其中一种，同时也可以参保保险公司推出的一些针对有社会医疗保险身份客户的补充医疗保险和住院津贴险，以补充社会医疗保险的不足。
