①评价的角度不同。
财务效益评估是从财务角度对项目进行分析，考察项目的财务盈利能力；国民经济评估是从国民经济和社会角度对项目进行分析，考察项目的经济合理性。
②评估的目标不同。
财务效益评估以企业的净利润为目标；国民经济效益评估的目标是对社会福利和国家基本发展目标的贡献及资源有效利用和合理分配。
③费用与效益的含义和范围划分不同。
财务效益评估是根据企业直接发生的财务收支，计算项目的费用和效益；国民经济效益评估是根据项目所消耗的有用资源和对社会提供的有用产品（包括服务）来考察项目的费用和效益。财务效益评估只考察项目的直接费用和直接效益，国民经济评估除考察其直接费用和直接效益外，还要考察项目所引起的间接费用和间接效益。
④计算的基础不同。
财务效益评估采用国内现行市场价格，将行业基准收益率或国家长期贷款利率作为折现率，采用国家规定的官方利率；国民经济效益评估采用近似社会价值的经济合理价格（影子价格）、社会折现率或国家基准收益率作为折现率，并且使用国家调整汇率（影子汇率）。
⑤评估的内容和方法不同。
财务效益评估的内容和方法比较简单，涉及面较窄，采用企业成本效益分析方法。国民经济效益评估的内容较多，方法较复杂，涉及的范围较广，需采用费用效益分析，成本效益分析和多目标综合分析等方法。
