南京审计学院的研究生专业有：
审计学专业，专业方向：
01现代审计理论与政府审计
02公司治理与内部审计
03现代审计技术与方法
04审计史与审计文化
05民主法制与审计
会计学专业，专业方向：
01会计理论与方法
02财务理论与方法
03注册会计师审计
04成本与管理会计
企业管理专业，专业方向：
01商业模式创新与运营优化
02营销理论与方法
03人力资源评估与分析
技术经济及管理，专业方向：
01技术创新管理
02项目分析与评估
03投融资技术经济分析
国民经济学，专业方向：
01宏观调控理论与政策
02经济运行与调控
区域经济学，专业方向：
01区域经济发展战略与规划
02城市经济学
财政学，专业方向：
01财政理论与政策
02税收管理与税务筹划
03财政审计与财政监督
金融学，专业方向：
01宏观金融理论与政策
02金融风险管理
03商业银行经营与管理
04金融市场与投资
05金融审计与金融监管
西方经济学，专业方向：
01经济发展理论与中国经济发展
02微观经济学及其运用
03宏观经济学与中国经济运行
04制度经济学与中国经济制度变迁
人口、资源与环境经济学，专业方向：
01人口经济学
02环境经济学
03资源经济学
