二者的区别如下：
1.入学流程不同
不同于国家统招研入学考试，五月同等学力申请硕士学位考试是先入学后考试的申硕方式，考生需要满足持有本科学历学位三年后才能参加考试。国家统招研考试是初试，达到国家分数线之后，才能进入下一轮复试，并且对于考生的学位及学历年限没有要求。但对于同等学力考生有相关要求。
2.考试科目不同
同等学力申硕全国统考考试两门，一门外语（可选：英语、法语、德语、俄语及日语）和一门专业综合；全国统招研考试考试科目为公共课一及公共课二（一般来说是英语及政治），以及两门专业课。
3.成绩要求不同
同等学力全国统考是通过性考试，考生只要通过，证明自己具有与研究生的相同学力就可以了；国家统招研考试是选拔制考试，考生要尽可能的考取高分，才能有获得复试资格的可能。
4.学习形式不同
同等学力申硕的招生对象主要是在职人士，因此上课时间会集中在周末休息。
通过全国统招研考试一经录取后，一般是以全日制脱产的形式学习，个别专业如MBA、法律硕士也有在职学习的形式。
5.毕业后所获证书不同
五月同等学力申硕所获证书为硕士学位证书及相关单位的结业证书；而以全国统招研形式毕业的考生在毕业后获得的是硕士学位证书和硕士学历证书。
二者的硕士学位证书都可以在国家相关网站上进行查询，并且以在职研形式获得的硕士学位这个数与全日制统招研相同，证书上并不会出现“在职研究生”或是“非统招研”等字样。
