长崎县主要经济产业为造船、机械、农林水产业，水产业、造船业、观光业为支柱产业。该县是日本现代工业著名的发源地，制定了“技术立县”的目标，造船业是其基础产业，拥有三菱长崎造船所、佐世保重工、大岛造船所等大型以及相当数量的中小型造船厂。三菱重工长崎造船所拥有世界最大规模百万吨级船坞。在发展其主干产业造船业的同时，研究发展半导体、航空关联产业等新领域，对外贸易在日本九州地区所占比例极低，出口产品主要是船舶的机械，进口的产品中石油、煤炭、纯金属矿占相当大的比例。农业、水产业也相当发达，森林覆盖率为59.7%，约占全县面积的50%，农业生产以水稻、蔬菜、果树、园艺、畜产养殖等为主，主要经济作物生产基地有岛原半岛的蔬菜和马铃薯基地、五岛的养蚕基地、对马的香菇生产基地以及壹岐和县北部的肉牛基地等，建成了蔬菜、养蚕、香菇、肉牛等经济作物生产基地，枇杷、马铃薯、橘子等产量居全日本前列，是日本枇杷和橘子的主要产区。水产业发达，有大小渔港290个，拥有高产的渔场、现代化的渔船和先进的捕捞方法，利用地理优势发展沿海及远洋渔业、养殖渔业、栽培渔业，海水产中竹荚鱼、带鱼等产量为全国第一。海洋资源带动了水产、养殖、加工、流通业的发展，水产量居日本第二位。
