Night Shift—— 在显示与亮度界面，增加了冷暖屏幕调节（也就是屏幕色温调节）功能，增加了“减弱蓝光”的选项，可以在一定程度上减弱屏幕光对视力的伤害。[4]
在 Night Shift 模式下，将会减弱通常被设备所忽略的蓝光光线，从而阻止蓝光对用户的生物钟造成影响。有研究指出，蓝光正是导致产生数码视觉疲劳的主要原因，因此通过减弱蓝光在理论上就可以帮助用户更好地入睡。值得注意的是，Night Shift 和苹果的一些功能类似，对于设备的硬件也是有要求的。已经有用户发现，Night Shift 只支持 64 位处理器（A7 或更新的处理器）的 iPhone、iPod 和 iPad。[5]
备忘录——增加备忘录密码保护功能，可以为备忘录设置密码，密保备忘录只能在iOS9.3、OS X 10.11.4版本系统中可见。
苹果新闻——新闻算法进行改善，新加入了横屏模式以及文章中视频播放；
健康——健康应用采用新界面，可以更轻松看到自己的步数、锻炼。在某些类别新加入菜单方便用户发现更多应用；
CarPlay——CarPlay的Apple Music功能支持“为您甄选”和“新内容”功能，地图新加入附近功能，可以定位附近的额餐馆、咖啡厅；
教育——iOS 9.3包含多项新增的教育功能，比如学生分享iPad，全新课堂应用和苹果学校管理等 。
Wi-Fi助理——苹果在“Wi-Fi助理”开关处标识了使用期间所耗费的流量，明确告知用户目前用了多少流量。再度关闭开启功能即可重置统计使用Wi-Fi助理期间的耗费数据。
增强了系统内置App的3D Touch功能：包括设置、健康、指南针等App。
蜂窝数据选项做了修改。
安装iOS 9.3 Beta1后，在WiFi环境下播放音乐半个小时，耗电量为10%，而在移动网络环境下，浏览网页设备就会快速发烫，同时电量消耗也更加快速。
