公务员和事业单位的死亡抚恤金不同的原因如下：
一、事业单位的文件规定
《人力资源和社会保障部民政部 财政部关于事业单位工作人员和离退休人员死亡一次性抚恤金发放办法的通知》(人社部发〔2008〕42号)，关于一次性抚恤金(工亡补助金)标准：
(一)参照公务员法管理事业单位的工作人员和离退休人员死亡一次性抚恤金标准和计发办法，按照民政部、人事部、财政部《关于国家机关工作人员及离退休人员死亡一次性抚恤金发放办法的通知》(民发〔2007〕64号的规定执行。
(二)按照劳动和社会保障部、人事部、民政部、财政部《关于事业单位民间非营利组织工作人员工伤有关问题的通知》(劳社部发〔2005〕36号)规定，参加统筹地区工伤保险的事业单位工作人员属于因工死亡的，一次性工亡补助金标准按当地工伤保险规定执行。
(三)已参加企业职工基本养老保险事业单位的工作人员和离退休人员，属于病故的，一次性抚恤待遇仍按当地规定执行。
(四)除上述情形外，事业单位工作人员和离退休人员死亡一次性抚恤金标准，从2004年10月1日起调整为：因公牺牲为本人生前40个月基本工资或基本离退休费，病故为本人生前20个月基本工资或基本离退休费。烈士的抚恤待遇，按国家有关规定执行。
二、机关单位（公务员）的文件规定
《民政部 人力资源和社会保障部财政部关于国家机关工作人员及离退休人员死亡一次性抚恤金发放有关问题的通知》(民发〔2011〕192号)，调整一次性抚恤金标准：
自2004年10月1日起，国家机关工作人员及离退休人员死亡，一次性抚恤金按照以下标准执行：烈士为本人生前80个月基本工资或基本离退休费，因公牺牲为本人生前40个月基本工资或基本离退休费，病故为本人生前20个月基本工资或基本离退休费。发放一次性抚恤金所需经费按现行渠道解决。
