一、一般来说，以DNA为模板的DNA聚合酶和RNA聚合酶都的结合位点都在DNA上。
但是也有以RNA为模板的DNA聚合酶和RNA聚合酶 （也就是反转录酶和RNA依赖的RNA聚合酶）,它们的结合位点在RNA上.
也就是说，模版是谁，结合位点就在谁上。
二、结合位点就是启动合成DNA或者RNA的碱基序列，如RNA聚合酶结合位点是转录起始位点,是一段特殊的位于编码基因上游的DNA序列.这段DNA序列可以结合RNA聚合酶,从而起始转录过程.经典的RNA聚合酶结合位点是TATA box.
TATA box是编码序列前的4个碱基.在大多数生物的基因前面都有TATA着4个碱基序列的存在,它就是一个RNA聚合酶结合位点.
拓展资料：
DNA聚合酶：
polymerase又称DNA聚合酶。系专司生物催化合成脱氧核糖核酸(DNA)和核糖核酸(RNA)的一类酶的统称。1957年，美国科学家阿瑟·科恩伯格（Arthur Kornberg）首次在大肠杆菌中发现DNA聚合酶，这种酶被称为DNA聚合酶I（DNA polymerase I，简称：Pol I）。1970年，德国科学家罗尔夫·克尼佩尔斯（Rolf Knippers）发现DNA聚合酶II（Pol II）。随后，DNA聚合酶III（Pol III）被发现。原核生物中主要的DNA聚合酶及负责染色体复制的是Pol III。
RNA聚合酶：
RNA聚合酶(RNA polymerase):以一条DNA链或RNA为模板催化由核苷-5′-三磷酸合成RNA的酶，是催化以DNA为模板(template)、三磷酸核糖核苷为底物、通过磷酸二酯键而聚合的合成RNA的酶，因为在细胞内与基因DNA的遗传信息转录为RNA有关，所以也称转录酶。
