动画版和漫画版主线剧情基本一样只不过主人公全变成小智了支线剧情有一点点区别
第一章
·标题：红绿蓝篇
·主角：小赤、小绿、小蓝
·反派：火箭队
·涉及册数：1~3
故事大意：
真新镇里，有一位非常喜爱神奇宝贝的少年“小赤”。为了让自己变的更强，小赤造访大木研究所，并得到博士的认可，从他那得到了一个神奇宝贝图鉴和神奇宝贝“妙蛙种子”。大木博士还告诉他，只要将图鉴资料全部收集完成，他就能成为很厉害的神奇宝贝训练师。
小赤并朝着这个目标，展开了他的旅程。旅途中，小赤不时会遇到大木博士的孙子“小绿”，两人在旅程中亦敌亦友地互相成长；另外还遇到了一个神秘而机智的少女“小蓝”。
火箭队是个企图利用神奇宝贝来获取更多金钱及利用神奇宝贝的力量征服世界的邪恶组织，因为真新镇（纯白镇）拥有适合神奇宝贝居住的纯净环境。于是他们打算将真新镇（纯白镇）占为己有。小赤、小绿、小蓝等人，因此来到火箭队的大本营－金黄市的西尔佛公司和火箭队进行决战，他们能够成功吗？
之后，小赤来到了常磐森林。森林似乎发生了异变，使得在里面迷路的小女孩吓得惊魂未定。还好，小智将这个小女孩送回了她的家－常磐市。在常磐市里，小赤也和火箭队馆长－坂木老大进行了激战。
之后，小赤、小绿、小蓝等人，参加了三年一度的神奇宝贝联盟赛。到底冠军会奖落谁家呢？
第二章
·标题：小黄篇
·主角：小黄、小赤、小绿、小蓝
·反派：关都四天王
·涉及册数：4~7
剧情大纲：
在小赤等人与希尔佛公司激烈对战后的两年。某天，小智接到以四天王志霸所署名的挑战书，接受挑战后下落不明，只剩下伤痕累累的皮卡回到大木研究所。
就在大木博士等人为了寻找小智而忙的不可开交时，戴着草帽的神秘少年“小黄”出现了。他取得大木博士的认可后，带着皮卡踏上寻找小智的旅程。
在寻找小智的这段期间内，小黄数次和关都四天王发生战斗。其实关都四天王的真实目的是想要建立神奇宝贝的理想国，消灭绝大部分人类，只留下同理念的优秀训练家。为达到此目的，四天王也派了他们的军团，抢夺能产生强大能量的八个道馆馆长徽章。
之后，小黄来到红莲岛，听从道馆馆长夏伯的话，组成搭档前往四天王的大本营-深红岛-那里只有一个入口，没有出口。在那里，小黄遇上了小蓝、正辉、曾为小黄做过特训的小茂以及火箭队三干部。由于目的相同，于是他们决定暂时联手，分成四组，各自和四天王中的一人对战。他们究竟会怎样呢？小智又是怎么出现的呢？
第三章
·标题：金银水晶篇
·主角：阿金、小银、克丽丝塔儿、小智、小茂、小蓝、小黄
·反派：戴面具的男子(假面人)及火箭队残党
·涉及册数：8~15（少部分）
故事大意：
关都四天王之战过后一年，新的冒险在城都地方展开。和神奇宝贝情同手足的少年“阿金”，为了追查从空木研究所偷走小锯鳄及从大木博士那偷走新神奇宝贝图鉴的神秘少年“小银”，带着火球鼠等神奇宝贝与好不容易争取回来的新图鉴一起踏上旅程。
另一方面，为了收集图鉴的资料，大木博士找来了捕获专家“克丽丝塔儿”。三人究竟会在什么样的情况下聚集在一起呢？而水君、雷公、炎帝也从地震后的圆朱市苏醒了。他们会为训练师的旅程带来什么样的变化？
另外，阻挡在三人面前的神秘敌人－戴面具的男子，其真面目似乎是道馆馆长，为此神奇宝贝协会召集了关都和城都的道馆馆长，打算进行对抗战，并从中找出犯人。至于小智等关都的主角们也因为各自有事而来到了城都地方，和拥有新图鉴的三人会合。
到底戴面具的男子召集火箭队残党、捕捉凤王和洛奇亚的目的为何？拥有历代图鉴的少男少女们能顺利阻止他的阴谋吗？道馆馆长也将进行精采的对决...！
紧张刺激的第三章故事，就此展开！
第四章
·标题：红蓝宝石篇
·主角：路比、沙菲雅
·反派：火岩队&水舰队
·涉及册数：15（大部分）~22 （少部分）
故事大意：
“戴面具的男子”事件发生后两年，在丰缘地区，一个刚从城都地方（小金市）搬来这的少年“路比”，为了参加这个地方的神奇宝贝华丽大赛，不顾父亲的反对，偷偷离家出走，没想到却因为巧合，遇上了野性化少女“沙菲雅”。
沙菲雅是小田卷博士的女儿，由于沙菲雅是以得到方缘地区所有训练馆徽章为目标，而路比的目标是赢得方缘所有华丽大赛两人因此起了争执，于是并订下了80天的约定，看谁最快在期限内完成目标，以证明自己的实力，就这样，两人踏上了各自的旅程。
同时，丰缘地方的两个神秘集团－火岩队和水舰队也在蠢蠢欲动，他们的目的是要让超古代神奇宝贝－固拉多和盖欧卡复活，好建造自己的理想世界，为此，丰缘地方的道馆馆长紧急召开会议，商讨对策。
究竟有没有人能够阻止这两大集团的野心呢？路比和莎菲雅是否能达成自己的目标呢？又是什么命运将他们两个紧紧缠在一起呢？全新的传说即将展开！
第五章
·标题：火红叶绿篇
·主角：小智 小茂 小蓝 小黄 小银
·反派：火箭队（三兽士、坂木）
·涉及册数：22（少部分）~26（少部分）
故事大意：超古代神奇宝贝复苏事件半年后，在关东，大木博士收回了小智，小茂和小蓝三人的图鉴。小蓝即将与父母见面。一个未知敌人的攻击破坏了重逢的喜悦，小蓝的父母消失。小智和小茂从企图破坏七岛的火箭队三兽士口中得知，攻击小蓝的神秘敌人是来自宇宙的DNA神奇宝贝代欧奇希斯，而代欧奇希斯本身与来自真新镇的图鉴拥有者互相吸引。三人为了战胜胜敌人向极梅婆婆学习了终极绝招，而意外中得知，这是火箭队坂木的阴谋。坂木意图抓住代欧奇西斯，得到全宇宙最大的力量，而借此寻找自己的儿子。而另一个基因神奇宝贝：超梦的出现，使这场战斗更为精彩……
并且，小银的真实身份也将被揭穿……
第六章
·标题：绿宝石篇
·主角：米拉特、克丽丝塔儿、路比、莎菲雅、阿金、小银、小智、小茂、小蓝、小黄
·反派：盔甲人（水梧桐）
·涉及册数：26（大部分）~29
故事大意：
七之岛骚动约三个月后，被名为对战开拓区的神奇宝贝对战专业区开发完成，正筹备着开幕式。突然有名少年被梦幻神奇宝贝·拉帝亚斯及拉帝欧斯带到那里去。称为米拉特的他，没有携带任何神奇宝贝却热衷于“神奇宝贝对战”，扬言要“称霸”对战开拓区。打算向对战塔提出挑战申请的米拉特，好巧不巧的打断了开幕式。米拉特当然被开拓之脑们训了一顿，但莅临的媒体却以为是开幕式的桥段之一，开拓之脑们为避免混乱，对媒体宣布设施开放的7天，将给予对战开拓区的挑战权，于是米拉特的对战之旅开始了。
另一方面，几乎同时间“许愿星”在对战开拓区中觉醒，觊觎那股力量的魔爪正悄悄逼近……
主要连载于Pokemon Wonderland（从vol.9开始），单行本第26本开始连载
第七章
·标题：钻石珍珠篇
·主角：戴亚蒙德、帕尔、普兰汀娜
封面30
·反派：银河团
·涉及册数：30~38
故事大意：
这个故事是以游戏“钻石·珍珠”作为一个新章。名为“钻石·珍珠篇”。主角分别是戴亚蒙德、帕尔、普兰汀娜，是在2006年11月在小学三年级开始连载的一个新故事。还有，主角迪亚、帕鲁2人的性格，与前6章的主角的性格有很多差异。钻石和珍珠为了让幼稚园的小朋友能够有笑容，向着搞笑艺人为目标前进。有一天，2人在搞笑艺人的地方登场，获得了旅行卷（在一周内无限期使用真砂镇公园的自行车）。另一方面，神奥地区的有钱人家“ベルリッツ家”（未有正式中文翻释）里，普兰汀娜决定“为了收集家徽” 。后来，普兰汀娜误认为戴亚蒙德和帕尔是被聘请的她的保镖，而戴亚蒙德和帕尔误认为普兰汀娜是他们旅行的导游，三人向着共同的目的地——天冠山顶出发了。之后，普兰汀娜为了为被一群圆法师打倒的波加曼重拾信心以及为了家族的荣耀，她先后打败了三位道馆馆主，并在戴亚蒙德和帕尔的支持和帮助下在华丽比赛胜出了一次。
经过几重波折，普兰汀娜取得了五枚徽章。和戴亚蒙德、帕尔一起和计划“创造新世界”的银河团多次交战，得知他们打算在立志湖、心齐湖、睿智湖之一投下“银河炸弹”来引出三圣菇，制造赤色锁。于是三人分头前往三湖泊阻止银河团的阴谋，却全员落败。（途中普兰汀娜得到了第六、第七枚徽章）结果银河炸弹在立志湖爆破，三圣菇最终落入银河团之手。为了使自己变得更强，普兰汀娜接受第八馆主电磁的特训，并得到了第八枚徽章，帕尔接受湿原市馆主的特训，戴亚蒙德则只身潜入银河团基地救出三圣菇。虽然在基地汇合的三人以“放弃图鉴”的代价解放三圣菇，但是赤色锁也迎来了完成。赤日带着赤色锁前往天冠山与三干部汇合，却遭到六馆主的合击。当三干部迎击六馆主时，赤木成功召唤出掌控时空的神奇宝贝帕路奇犽和帝牙卢卡，一举击败刚打败三干部的六馆主。同时，萨奇也来到了天冠山。
她的真名是saque，chi的新宇宙创造计划从数年前起便开始计划了，当时为了搜集调查与宇宙有关的PM数据，萨奇潜入火箭队，目的是捕获代欧奇希斯敬奉给赤日。同时也通过火箭队知晓其他组织，帮助水梧桐也是因为萨奇觉得就这样让如此强大的邪恶消失实在可惜。当年萨奇的达克莱伊的技能与超梦的技能相互碰撞，产生了出乎意料的效果，使得5人被石化。萨奇对这一现象非常好奇，之后的日子，她一边追逐代欧，一边试图破解人类石化的秘密。当时由于身负重伤，萨奇请求了一组杂兵支援。萨奇因为代欧和调查石化等原因暂时无法回神奥，便在其中一名杂兵中注入了自己的思想，那就是后来的高级杂兵。杂兵对图鉴的高度重视也是由于萨奇本人对图鉴所有者的执著产生的。在追逐代欧的途中，碰到超梦的追击。超梦也很想解开5人的石化。萨奇好不容易才摆脱追踪逃回了天冠山顶。三位馆主分别将自己的PM寄托给普兰汀娜。因为阿李比较穷，没有PM送给普兰汀娜，于是便将电磁寄放在她身边的帕奇利兹给了普兰汀娜，普兰汀娜的队伍正式完成。由于时空双神的战斗，整个神奥地区像这时山顶上空出现了空洞，赤日认为这是新世界的中心，所有旧世界的不完全体都将被空洞吸收。（但是躲在暗处的冥王星却不这么认为）中了空间移动金手指一样，空间的连接变得非常奇怪，时间的流动也反复不定。
戴亚蒙德为了阻止空洞扩张，企图冲进洞里从另一头将洞关上。
就在这时，忽然有一股力量拉住了他！
从普兰汀娜的包中忽然飞出一只巨型PM拉住了戴亚蒙德。
同时被传送到山顶的脚印博士看着巨型PM的脚印解读到
“被任命一直在等待此刻。战斗，为了神奥，与训练师一同竭尽全力”
（另外全场除了躲在暗处的冥王星外没人知道这只PM的名字）
在雷吉斯奇卡的牵制下，空洞没有继续扩大。最后双神解除了束缚，赤日也昏迷不醒。既然来到的山顶，那自然不能忘记这次旅行真正的目的。
家族的纹章完成。
这时躲在暗处的冥王星看着雷吉斯奇卡心里直痒痒。
冥王星的目的是捕捉传说中的PM，但是眼下更重要的事情是调查即将消失的天空的空洞。
这时冥王星的行踪被冬岗和博士等人发现，骚乱中，测定空洞的仪器与空洞的波长发生同调，一个巨大的身影突然出现，抓走了时空双神与赤木。从冥王星口中众人知道了破裂世界的存在。
逃跑中，冥王星无意中掉落的笔记本被戴亚蒙德捡到。
众人明确了自己下一步该做的事：
帕路奇犽 调查笔记中记载的传说精灵
电磁 在隐泉之路的黑洞中感受到强大的力量，对此产生了兴趣，为了调查黑洞首先与奥巴在战斗地区合流
其他馆长 医院
冠军 送馆长去医院
普兰汀娜 原本计划寻找两位原保镖，听了冥王星一席话后......
第八章
·标题：白金篇
主角：普兰汀娜·贝尔里慈、迪亚、帕鲁
涉及册数：38~40
特别篇39封面
神奥地区新的地区—战斗设施，普兰汀娜·贝尔里慈决定向对战开拓区出发，决心要挑战对战开拓区，并向开拓区首脑们打听“破碎的时空”的消息，希望能够找到先前因为银河团搞鬼而消失的两位保镖。在对战开拓区，她与正在调查银河团余党的神奇宝贝警察— “大帅”会和，新的战斗故事由此展开……
第九章
·标题：金心魂银篇
·主角：阿金、小银、克丽丝塔儿、
·反派：火箭队四天王
涉及册数：40~42
故事大意：
金心魂银主要讲述了编号为493的阿尔宙斯也就是大家熟悉的720为主的一次冒险,本篇四天王和阿金、小银、克丽丝塔儿都在收集令牌,令牌共16块。
阿金的波克基古会在本篇进化成波克基斯，长尾怪手进化成双尾怪手......而小茂的铁甲暴龙给了小银进化成了超铁暴龙，狃拉进化成了玛狃拉,黑暗鸦也同时进化成乌鸦头头....
日本心金魂银已经连载完了,预计明年就可以出了
剧情大概：心金魂银篇的故事被分割成2份
1.阿金是主角，买了一套新衣服，随小茜到运动会场，参加运动会，赢了一面奖牌，遇上四天王，后来制服了渡失控的快龙，之后在圆朱市看歌舞妓表演，暗中让PM进行训练，尾太郎成功进化为双尾怪手；而至今唯一没有进化经验的波克太郎在一旁看见就很不是味儿。阿金再次与馆主松叶相会，并随后遇见了银...接下来，阿尔宙斯突然出现并袭击道馆，然后飞走，之后阿金独个儿追着阿尔宙斯到了亚鲁夫遗迹，看见受伤的渡，并从他手上取得光之石。阿金苦战阿尔宙斯，然后波克比成功连续进化，向阿尔宙斯施出强力一击。见证了阿金和波克太郎羁绊的阿尔宙斯终于被净化，飞走了。结尾还用了一个画面交代阿金踏上新的冒险。
2.小银是主角。
小银到旋涡岛的秘密基地会见渡，见不成渡，倒是遇上了同样来找渡的小桩，还被小桩误会是袭击渡的人（渡与小桩的通讯忽然中断，令小桩意识到渡是受到袭击）。之后他们受火箭队暗算。
另一方面，三兽士之一的查克拉成为了火箭队的新首领，在新的狩猎区建了基地；但只认同坂木的四将军突然出现，把查克拉打倒，成为了火箭队的领导层。
小银追查火箭队的消息，来到了狩猎区，遇到米那君，并与四将军之一的拉姆达战斗。从拉姆达能够易容成渡这点，可肯定他曾见过渡。
另一边厢，克丽丝塔儿要带孤儿院的孩子远足，她母亲对克丽丝塔儿身穿研究服前往远足一事看不过眼，要她换上新衣后才出发...然后她和小银在狩猎区相遇。接着她让米那君照顾孩子，她则和小银出发展开作战行动。
之后他们受到四将军之一的雅典娜袭击...小银成功逃脱并抵达圆朱市，克丽丝塔儿则继续战斗。小银想要会见圆朱市的馆主松叶，但受到其他馆主们的拦截。经过战斗后，馆主们发现小银的超铁暴龙其实就是从小茂的铁甲暴龙进化而成的，银亦说出了圈圈熊跟坂木一同失踪的事：战斗边疆的战斗结束后，小银带小茂回到寓所，但找不到圈圈熊和坂木。发现坂木失踪时，小茂已经变成了心魂版的造型，小银则仍然停留在金银时期的造型，没有交代之后是怎样变成心魂造型的...
银终于可以见松叶了，发现阿金已经先一步来到。
另一方面，阿尔宙斯出现在克丽丝塔儿面前，克丽丝塔儿还企图捕获阿尔宙斯...四将军其余成员都到齐了，但四将军之首的亚波罗不打算制止克丽丝塔儿。他还说不论克丽丝塔儿成功捕获阿尔宙斯与否都没有问题，因为他们的目的只是要到达神都遗迹...
水晶的捕获失败后，阿尔宙斯飞走了，飞到圆朱市并袭击道馆，之后阿尔宙斯再次飞走，金则追阿尔宙斯去了。银出发收集其余的石板（阿尔宙斯的），后来找到受伤的水晶，和她一同到阿露福遗迹，看见阿金正在苦战阿尔宙斯。四将军也在一旁看著。小银身上的令牌与阿尔宙斯产生同调，使阿尔宙斯把在场的小银、阿金、克丽丝塔儿、四将军等人都送到了神都遗迹...
在神都遗迹，四将军胁持着阿尔宙斯，并要求小银交出令牌，小银照办...亚波罗利用令牌的力量，轻易地改变阿尔宙斯的属性，让阿尔宙斯作出攻击。最后亚波罗更要阿尔宙斯当场制造帝牙卢卡、帕路奇犽、骑拉帝纳3神出来...
正当四将军其中3人泪目时，剩下的拉姆达另有企图...原来狩猎区一战败北后，拉姆达回到基地，尝试易容成银，被牢中的查克拉看见，说出了银是板木儿子的事实。本来拉姆达还是半信半疑，但当他向小银提及这点时，从小银的反应中看出查克拉说的是事实。
拉姆达突然指挥大嘴蝠向小银用"舌舔"，使小银暂时看不见东西和发不出声音。这样一来，当坂木回来看见儿子被弄成这样，便会怪罪不知情的四将军，而他则可以佯装是小银的保护者，骗取坂木的信任。
小银忽然自个儿冲向阿尔宙斯，拉姆达慌了，马上叫其余的将军阻止他。阿金明白小银是为了制造机会让他们攻击阿尔宙斯才这样做，于是立刻指挥御三家使出究极技。终于，神奥3神变回能量，逆流到阿尔宙斯体内。阿尔宙斯向四将军发动攻击，令他们消失了。令牌被阿尔宙斯吸回体内。取回力量的阿尔宙斯，再一次成为神，完满结束了。
第十章
·标题：黑白篇
·主角：布莱克（ブラック）、怀特（ホワイト） 反派：电浆团
故事大意： 以称霸合众联盟为目标的布莱克，带着波卡（暖暖猪）等神奇宝贝踏上旅程，途中遇上BW公司社长的白，为了完成暖暖猪的电影制作，所以借布莱克的雄性暖暖猪进行拍摄工作，拍摄时突然遇到神奇宝贝的袭击，为了查明真相，布莱克使用ムンナ食梦，并进行推理,找出了袭击的对象—电蜘蛛，并且击败了它。但却被怀特告知要赔偿她50倍的修理费，不得已成为白“BW”摄影公司的社员，跟随白四处旅行拍摄兼挑战道馆。布莱克最终获得冠军，并获得雷希拉姆认可，击败了N和捷克罗姆，打败了电浆团的真正BOSS魁奇思。
