1． 中国和越南的冲突。
从20世纪70年代至90年代初，两国在南海地区发生过多次外交、军事较量，最严重的冲突包括西沙之战、中越南海之战等。1974年1月19日，南越当局出动4艘美制战舰，载兵登上我西沙群岛的甘泉、珊瑚、金银等三岛。中国出动舰艇，进行自卫反击，最后中国收复越占岛屿，全部控制了整个西沙群岛。1987年联合国会议决定，由中国在南沙群岛上建立海洋观察站。1988年3月，我舰队开始进驻永署礁，建造海洋观察站，越南为阻止我在南沙行使主权，于3月14日在赤瓜礁海区进行挑衅，越军抢先开火，中国军队奋勇反击，将入侵舰船击沉击伤，并打死打伤多名越南士兵。
两国因海洋资源开发也出现过多次争端。1992—1999年间，越南多次对我在南海工作的科学考察船进行监视、驱逐，干扰我船只正常工作。1992年5月，中国和美国克里斯通公司签定了在南沙群岛附近的大陆架勘探石油的协议。当年9月，越南称协议地区（距离海南岛600公里）是他们的领土，抗议中国在“东京湾”（北部湾）水域塌兆勘探石油及中国军队在大卢克礁岛（Da Luc Reef）登陆。1993年4、5、10月，中国地矿部“奋斗4号”与中科院“实验2号”先后抵达南沙西南部海区考察，越南海军多艘舰船、多架飞机对我进行跟踪监视和驱赶。1994年7月美国克里斯通公司与中国联合勘探中国“湾北—21”海区，越南称那里是越南领海133、134、135海区，中国派遣两艘战舰阻止越南在同一地区活动，再次引发两国的争端和军事对峙。1995年2月越南在南沙海域驻岛守军先后对我20余艘渔船进行鸣枪驱赶，并在南沙西部海区抓捕我渔船4艘，并对我钻井平台和侦察船进行跟踪监视和鸣枪驱赶。当年，越南与台湾也发生过军事冲突，台湾军队曾炮击越南补给船。美国于1994年解除对越南的禁运，美国各大石油公司加紧进入南海，越南也试图借西方势力牵制中国在南海的行动。1996年4月，越南也出租其部分领海给美国克诺克（Conoco）公司，当年我“探宝8号”、“奋斗4号”勘探船和“南调350”船赴南沙执行任务期间，再次受到越南多艘船只的跟踪监视。1997年3月，中国“勘探—3号”油井开始在南沙群岛附近开采，越南提出抗议，认为开采咐衫虚海区距离越南长迈岬（Chan May cape）64海里，距海南岛71海里，“是越南的领土”。1998年越南仍多次对我科学考察船进行跟踪、监视；驱赶我在南沙海域的渔船200余艘。1999年之后，随着两国关系的缓和、陆地边界协议的签订，两国在南海地区的争端也逐渐减少，2000年，两国就北部湾划界达成协议。
2．中国与菲律宾的冲突。
美济礁事件。1995年1月，中国渔民在南沙群岛东部的美济礁停留打鱼并修建一些挡风遮雨的设施。菲律宾立即向我提出强烈抗议，声称对该岛也有主权要求，指责我违反1992年中国与东盟签订的《马尼拉宣言》和国际法，呼吁东盟一致抵抗“中国的扩张行为”，并悍然破坏这些岛上的建筑，并扣留中国渔民60多人。中国派出3艘驱逐舰进入这一地区，结果，菲律宾政府和军方纷纷指责中国，掀起轩然大波。3月25日，菲律宾军队在离美济礁不远的仙娥礁抓扣我62名渔民，捣毁我设在南沙东部的7座无人礁上的设施和标志物。1996年菲律宾对我进入南沙菲占海域作业的我国渔船进行了严厉的驱赶措施。先后8次开枪射击我渔船，抓获我渔船12艘。1997年4月25日，菲军方在南沙美济礁附近发现三艘中国武装舰艇，其外交部便于29日向中国发出“抗议”，并拆除岛礁上的建筑物。6月30日，菲律宾军方称其炸毁了一座相信是中国建造在（南衡燃沙群岛）仙宾礁上的新建筑物，7月3日中国提出强烈抗议。
1998年11月初，中国欲对遭台风破坏的美济礁设施进行正常的维修加固，尽管事前我外交部于10月15—16日已先后向菲、越等东盟国家做了通报，菲律宾仍然对此反应强烈。28日，菲武装部队总参谋长纳沙仁普下令西部武装力量进入戒备，多次派飞机、舰船进行侦巡、航拍及空投。当发现我在美济礁施工时，菲内阁“危机处理小组”立即会商对策，于11月5日正式向我提出外交抗议，要求我军舰撤出该地区，立即停止施工，拆除在美济礁上的已有建筑。菲还下令加强海空军在美济礁附近的巡逻，防止中国船只进出南沙水域，军方获令可开枪示警。11月9日，菲律宾参议院国防部和外交委员会举行秘密听证会，达成共识，认为其目前军事准备不足，只能运用舆论与外交的压力解决争端，并决定引起国际关注，动用“道德压力”迫使中国遵守已签署的协议。11月17日，菲总统埃斯特拉达在吉隆坡APEC会议上向东盟各国领导人通报美济礁事件，寻求支持，声称要将南沙问题提交联合国安理会讨论和国际法庭仲裁。11月29日，菲律宾海军在美济礁附近非法拘留我6艘渔船和20名渔民，并声称要对他们提出起诉。
1999年1月，菲军方再次指责中国正在“有争议的美济礁上修建一个新的钢筋混泥土结构的，并发现两艘导弹护卫舰在附近海面警戒”。3月2日，菲军方宣布将在南沙中业岛扩建机场并增加军事设施。对此，我外交部发言人表示严重关注和强烈不满。3月中旬，中菲关于在南海建立信任措施工作小组首次会议在马尼拉召开，双方承诺按照国际法原则，友好协商解决分歧，不使用武力或以武力相威胁，不采取导致美济礁事态扩大化的行动。然而菲律宾违背两国达成的协议，继续派飞机在美济礁上空进行低空飞行侦察。5月、7月，菲律宾海军在南沙海域两次撞沉我国渔船，使该地区局势更趋紧张。它反对我宣布在南海水域实行两个月的捕渔禁令。中国要求惩办肇事者。2000年5月，菲律宾海警向中国渔民疯狂扫射，枪杀中国船长，扣押我7名渔民，后经过中国政府的严正交涉，才释放中国船员，但拒绝进行赔偿。
黄岩岛争端。黄岩岛又名“民主礁”（菲称“卡斯波罗浅滩” Scar Borough Shoal），是中沙群岛中唯一的露出水面的岛屿。黄岩岛位于我国传统海疆线以内，这里一直是我国渔民在南海的传统作业区之一。20世纪90年代之前，国际社会对我拥有黄岩岛主权从未提出任何异议，1977年10月、1978年6月，中国科学院南海海洋研究所的科研队还登上岛进行考察活动。80年代初，菲律宾签署联合国《海洋法公约》后，宣布划定200海里专属经济区，将黄岩岛划在其“专属经济区”内。但当时黄岩岛作为驻菲美军的靶场，处于美军的实际控制之下，菲方尚未对黄岩岛提出主权要求。1992年美军撤出菲律宾军事基地，菲对黄岩岛的主权要求越来越强烈。1997年4月30日，两艘中国渔船停泊黄岩岛，在岛上设立界碑，竖立国旗，遭到菲军舰驱逐，菲渔民随后拔起国旗和界碑。5月，中菲又在黄岩岛发生岛屿主权与捕渔权利的纠纷。1998年1月菲律宾海军拘捕了在黄岩岛附近捕鱼的中国渔民。11月5日，菲军方抗议中国军舰在黄岩岛附近活动。
3．中国、与马来西亚的冲突。
1995年马海军巡逻艇曾向我渔船开枪射击，打死我渔民1人、打伤2人；1997年我“探宝号”船队在南沙海区活动期间，马军派7艘舰艇对我船跟踪监视；1998年马海军舰船共检查、驱赶我作业渔船17艘，先后4次在曾母暗沙附近海域对我渔船进行鸣枪驱赶。
4．东盟内部的冲突。
东盟国家之间也因南沙争端相互猜疑和冲撞。1998年1月，越南士兵在鸽礁附近向菲律宾渔民开火。马来西亚、菲律宾和越南都声称对南沙群岛的榆亚暗沙和簸箕礁盘拥有主权，1998年3月因怀疑马可能占领榆亚暗沙，菲派海军、飞机前去侦察；4月，马在视察榆亚暗沙时发现有木制平台和水鼓，并发现菲海军船只，判断菲有侵入企图，马海军舰船立即前往查证。1999年马来西亚侵占了南沙群岛的榆亚暗沙和簸箕礁盘地区。菲律宾提出抗议，并警告马在该地区建造设施可能会引起武装冲突；越南也指责马来西亚此举是对越南主权的侵犯。1999年10月，菲律宾军队报道，越南军队曾向菲属某岛屿上空低空飞行的一架侦察机开火。2000年菲律宾与马来西亚再度在南沙海区发生争端。
