税务登记证注销了，还能申请，具体流程如下：
1、县以上(含本级，下同)国家税务局(分局)、地方税务局(分局)是税务登记的主管税务机关，负责税务登记的设立登记、变更登记、注销登记和税务登记证验证、换证以及非正常户处理、报验登记等有关事项。
2、国家税务局(分局)、地方税务局(分局)按照国务院规定的税收征收管理范围，实施属地管理，采取联合登记或分别登记的方式办理税务登记。有条件的城市，国家税务局(分局)、地方税务局(分局)可以按照“各区分散受理、全市集中处理”的原则办理税务登记。
3、国家税务局(分局)、地方税务局(分局)联合办理税务登记的，应当对同一纳税人核发同一份加盖国家税务局(分局)、地方税务局(分局)印章的税务登记证。
