情绪强烈时，控制胃肠活动的神经元也会兴奋。人的内脏活动受自主神经系统支配。自主神经系统分为交感神经和副交感神经，它们控制人的内脏活动，但是我们没办法用意识直接控制这些活动，只能间接影响这些活动。
人在情绪激动，比如紧张焦虑恐惧愤怒的时候，交感神经兴奋，可以引起全身一系列反应，包括心率加快、汗腺分泌增多、唾液分泌减少、立毛肌收缩，当然也包括胃肠道活动减少。而副交感神经兴奋后，胃肠道活动会增加(这常常发生在精神放松的时候。
胃肠神经和更高级的神经中枢——大脑，常会发生相互作用。一个典型的例子是：功能性消化不良的患者容易出现抑郁问题(反过来，抑郁的人也容易出现消化不良)。如果能纠正这些患者情绪上的问题，也可以同时明显改善消化不良的症状。在临床实践中，对于功能性消化不良患者(没有器质性病变)，如果发现其有情绪方面的问题，医生会尝试使用抗抑郁药物改善情绪，达到一定的效果。
人脑调控饮食的中枢位于下丘脑，比如腹内侧核的饱食中枢。而呕吐中枢位于延髓。情绪涉及的脑区很多，最常说的是杏仁核。它们之间相互联系，而脑又与胃肠道神经联系，协调发挥生理功能。所以，在情绪强烈的时候，脑部负责情绪的部分会兴奋，相关的控制胃肠活动的神经元也会兴奋，引起胃肠道不适。如果有特别强烈的情绪，可能会引起呕吐中枢兴奋，就会出现精神因素引起的剧烈呕吐。
