运输企业一般纳税人过路费可以抵扣。
《财政部国家税务总局关于收费公路通行费增值税抵扣有关问题的通知》（财税〔2016〕86号）：
为保证营业税改征增值税试点的平稳运行，现将收费公路通行费增值税抵扣有关问题通知如下：
一、增值税一般纳税人支付的道路、桥、闸通行费，暂凭取得的通行费发票（不含财政票据，下同）上注明的收费金额按照下列公式计算可抵扣的进项税额：
高速公路通行费可抵扣进项税额=高速公路通行费发票上注明的金额÷（1+3%）×3%
一级公路、二级公路、桥、闸通行费可抵扣进项税额=一级公路、二级公路、桥、闸通行费发票上注明的金额÷（1+5%）×5%
通行费，是指有关单位依法或者依规设立并收取的过路、过桥和过闸费用。
二、本通知自2016年8月1日起执行，停止执行时间另行通知。
