因为官方旗舰店是这个品牌的官方店铺，而京东自营是代理店铺。
商家会把产品提供给京东自营，供货价不高，等于把零售利润出让了一部分给京东。换来的是流量大，可以上京东的各种活动，销量当然也很大。 也就是说商家通过供货给京东自营，损失了一部分利润，换来了产品的高曝光率和销量。
官方旗舰店和自营的官方旗舰不是同一家店，区别如下：
1、认证同
官方旗舰店是指制造商正式批准的旗舰店；自营旗舰店是指生产企业自行经营的旗舰店。
2、销售方式不同
官方旗舰店是品牌的店，象征着品牌；自营旗舰店是销售平台的供应商。
3、销售主体不同
京东自营是京东为销售主体，商品和物流都属于京东直接管，就是B2B（厂家卖给京东）—B2C（京东再卖给消费者）；
官方旗舰店销售主体为厂家，两者都有保障，区别在于京东自营是京东全国各地分仓，由京东物流配送，官方旗舰店可能是自行选择快递公司配送，时效不如自营快。品牌方（或者被授权方）开的旗舰店就是B2C（由厂家卖给消费者）。
扩展资料：
京东自营在线销售：计算机、手机及其它数码产品、家电、汽车配件、服装与鞋类、奢侈品、家居与家庭用品、化妆品与其它个人护理用品、食品与营养品、书籍与其它媒体产品、母婴用品与玩具、体育与健身器材以及虚拟商品等，共13大类3150万种SKU的商品。
京东先后组建了上海及广州全资子公司，将华北、华东和华南三点连成一线，使全国大部分地区都覆盖在京东商城的物流配送网络之下；同时不断加强和充实公司的技术实力，改进并完善售后服务、物流配送及市场推广等各方面的软、硬件设施和服务条件。
京东商城组建以北京、上海、广州和成都、沈阳、西安为中心的六大物流平台，以期能为全国用户提供更加快捷的配送服务，进一步深化和拓展公司的业务空间。
