1998年8月财税分设。海南省地方税务局升格为省政府直属机构（正厅级）。海口市设立地方税务局（正处级）；其他各市县财政税务局分设为财政局、地方税务局，均为同级政府工作机构。全省地方税务机构实行省局垂直管理体制。内设办公室、计划财务处、人事教育处（与机关党委、工会合署办公）、监察处、法规税政处、征收管理处、所得税管理处、农业税管理处（局）、信息处等9个处级职能机构和稽查局（处级直属机构）。垂直管理海口20个直属地税局。
2000年5月，省政府根据中央、国务院机构改革方案，对省地方税务局内设机构进行了调整。2000年11月，省政府决定将社会保险费改由地方税务机关征收，并批准设置海南省地方税务局社会保险费征稽局。海南省地方税务局内设办公室、计划财务处、人事教育处（与机关党委、工会合署办公）、纪检监察室、法规税政处、征收管理处、所得税管理处、农业税管理处（农业税征收管理局）、社会保险费征稽局等9个处级职能机构，下设稽查局（处级直属机构）和信息中心（处级附属事业单位），2003年琼山市并入海口市后，垂直管理海口等19个直属地税局。
2002年7月，海南省人民政府批准海南省地方税务系统机构改革方案，再次明确了全省地方税务系统机构设置、职能配备和人员编制。全省地方税务系统实行省以下垂直管理；各市县农税局和社会保险费的征稽机构，实行省地方税务局与市县政府双重管理，除海口、洋浦经济开发区以省地方税务局管理为主外，其他市县以市县政府管理为主的管理体制。
2006年4月，共青团海南省地方税务局委员会成立。
2007年11月，为理顺机构设置，建立健全管理机制，海南省地方税务局内设机构进行了新调整，将局法规税政
处分设为政策法规处和地方税管理处。至此，海南省地方税务局内设办公室、计划财务处、人事教育处（与机关党委、工会、团委合署办公）、纪检监察室、政策法规处、地方税管理处、征收管理处、所得税管理处、农业税管理处（农业税征收管理局）、社会保险费征稽局等10个处级职能机构，下设稽查局（处级直属机构）和信息中心（处级附属事业单位）。
2008年，海南省地方税务局内设机构进行了增设，新设立了营业税管理处、规费管理处、行政审批办公室，至此，海南省地方税务局内设13个处级职能机构，下设稽查局（处级直属机构）和信息中心（处级附属事业单）。
2009年，海南省地方税务局主要职责、内设机构、人员编制进行了调整，根据职责内设机构调整为办公室、组织人事处（原人事教育处，机关党委、工会、团委、老干部工作处合署办公）、政策法规处、督察内审处（新增机构）、征收管理处、纳税服务处（大企业税收管理处）（新增机构）、营业税处、地方税处、所得税处、耕契税处（原农业税管理处）、社会保险征稽局、规费处、行政审批办公室等14个处级职能机构，下设省局稽查局（处级直属机构）、省局第一、二、三、四、五稽查局（副处级直属机构）和信息中心（处级附属事业单位）。 2009年，全省地税稽查体制进行了改革，将全省原有的20个稽查局整合为6个，建立省级分片稽查体制，即：海南省地方税务局稽查局、第一稽查局、第二稽查局、第三稽查局、第四稽查局、第五稽查局，海南省地方税务局稽查局为直属正处级机构，负责全省地方税务稽查工作。
