分析其原因，主要有：
1.集约化养鸡场现阶段难于做到整体意义上的“全进全出制”，只能做到整幢鸡舍的“全进全出”，无法从“全场”切断球虫的繁殖周期，自然净化。
2.因上述原因导致球虫病原长期滞留于场内，难于清除，各种消毒卫生措施只能减少球虫的量和减少传播机会。
3.因各种原因，场内的各幢鸡舍间的人员、物品流动难于避免，导致各鸡舍鸡群反复互相感染。
4.鸡球虫很容易引起耐药性，使药物防治效果下降。
5.生产中难于长期使用药物，但球虫病源则长期存在，一旦停止使用药物，发生感染，就可能发病。球虫药物很容易产生耐药性
6.
7.各种防治球虫病的药物对不同球虫的效果不同，没有一种药物能100％杀灭所有的球虫。
8.大群饲养鸡只在投放药物时难于做到每只鸡都摄入足够量的药物，而它们都有感染球虫的机会。
9.球虫的卵囊可在自然条件下长期保护活力，特别是在南方温暖潮湿的气候条件下
