目前拍摄到第五部（第五部，李元芳已经换人）
第一部
使团惊魂 1-13
武周年间，十几年对突厥的战争结束了，天下太平举朝欢贺。
突厥使团终于到来，为了表示诚意，还献上了一枚价值连城的多宝珠。武则天则将长乐亲王李永之女，翌阳郡主李青霞嫁给吉利可汗，以示永久和亲之意。
在使团逗留期间，长安接连突发了几件举国震惊的大案。先是关押朝廷要犯的土窑离奇失火，被秘密关押的犯人刘金失踪。而刘金手中掌握着一份关系到江山安全的重要名单，这份名单一旦落到逆党手中，天下将会大乱。接着，是随使团和亲的郡主和随嫁的美女、侍从及护卫突然遇刺，议和使团趁乱出城后已不知去向。再就是甘南道六百里加急文书送到，言称前来议和的突厥使团刚一入境，就全部被杀死在戈壁之中，只有迎护使团的护卫队队长李元芳一人下落不明。
一支庞大的匪徒队伍，竟然在朝野众目睽睽之下，假冒使团混进长安，而且到了朝上议事，气焰如此嚣张，朝廷无安全可恃。一百四十六人组建的突厥使团，一百二十人的卫队，竟然全部被害于道，郡主遇刺身亡，一旦吉利可汗得知，刚刚熄灭的两国战火必将重燃。严峻的内忧外患令武则天忧思如焚，心身憔悴。她一面紧急布置边防战备，在全国范围内通缉刘金、李元芳，一面急调被贬为彭泽县令的狄仁杰进京火速破案。
蓝衫记 14-22
湖州郊外，狄仁杰与护卫李元芳正在乡间暗查民情，二人来到县衙，看到县令曾泰正在审案，案子是一天之内附近接连发现两具尸体，两个被害人有一个共同的特点，他们都是长安人，死前都自称姓吴，都是在湖州被害，却都没有身份文牒，罪犯现场也没留下一丝可供分析的线索，那么这起真正的无头案是怎么破的呢？这其中，牵扯到了多年前的越王李贞…
注：《武朝迷案》中，此案叫做《蜜蜂记》，共十集，后来在央视版的《神探狄仁杰》中改成《蓝衫记》，并将剧集精简为九集。
滴血雄鹰 23-27
武周时期，剑南、陇右、河东等四道十州同时发生了恶性案件，死了七十八条人命，各地官府在勘查现场时，没有发现任何有力的线索，只在案发现场发现一幅用鲜血图画的滴血雄鹰。经过在官道以及江家庄的一番探查，狄公终于查出了凶手——一直潜伏在他们身边的飞龙使何云手下的“无头将军”，同时也揭穿了“无头将军”的秘密。然而，何云却不是元凶……这个元凶首恶武则天也很清楚--她的女儿太平公主。
注：《武朝迷案》中，此案共七集，后来央视版的《神探狄仁杰》将此案精简为五集，并将其中的“恩济庄”改为“永济庄”，“江小郎”改为“简小郎”，并且对血腥镜头做了处理。[
第二部
关河疑影
武周年间，契丹犯境，烽烟迭起。大将军王孝杰、营州都督赵文翙奉命出征御敌，武则天设宴以待，志在必得。不料赵文翙部两万人在绕道敌后的军事行动中，遭逢不幸神秘失踪，导致王孝杰部十万主力全军覆没。噩耗传来，举国震悚。武则天当即任命狄仁杰为河北道行军大总管，主持边事察查战败原因。对手奸诈诡谲，案情迷离百变，各色人等像走马灯一样神出鬼没，边情战事一触即发，关键时刻，狄公挺身出马....
蛇灵 14-29
崇州案告破后，以肖清芳为首的蛇灵逆党销声匿迹隐遁江湖。但狄仁杰认为这种平静并不意味着天下太平，恰恰相反，他们兴风作浪再起波澜的时刻好像就要来了。果然，就在武则天准备驾临寒光寺进香之际，蛇灵的刺杀计划露出了端倪，一场刺杀与保卫的激烈较量由此拉开战幕……虽然，狄公得胜刺客落网，但是这一切不过仅仅是案件的开始，更大的阴谋和较量还在后头…
血色江州 30-40
和蛇灵的斗争终于告一段落，狄仁杰奉命致仕江州，垂钓浔阳江上。这天，有江州平南侯府恶奴逃逸女子锦娘来到江边，锦娘奋身跳江被狄仁杰救起，不料此举竟得罪了侯府，麻烦立至。狄仁杰将计就计除暴安良，与新任县令林永忠联手处死恶奴杜二，灭了侯府薛青麟的威风，并由此发现了薛青麟府上的种种异常。接着，江州血案不断发生，狄仁杰最终还是放弃了休息，投入到紧张激烈的断案之中。他从锦娘的举动中发现了种种异常，于是顺藤摸瓜，挖出了真正的恶魔，破获了一个发生在二十年前的弥天大案！
第三部
黑衣社 1-18
武周年间，边事频仍，连年征战，大周朝国帑虚竭，守边将士军心不宁，军中缺饷，无力维持。此时的狄仁杰，正带领着李元芳和四大军头蜿蜒在去往凉州的山道中。狄仁杰自连破幽州、崇州、蛇灵、江州等一系列大案后，几经恳请，终于得武皇允准回老家并州修养。他想于回家的路上，绕道去看望凉州刺史曾泰并向他辞别。
凉州刺史曾泰是狄仁杰的门生，他接到了朝廷急报，说是西北马上要发生大地震，要他注意防震。曾泰立即组织防灾抗震事宜，及时疏散了城中的百姓。但当地震来临之时，仍然是房倒屋塌，损失惨重。大漠之中押运饷银的三千铁甲军，所有的官兵都中了邪，围做几圈不停地欢歌狂舞，不论是谁只要停下来便立即身死。最终所有军士均力竭而死。而他们押运的500万两饷银却不翼而飞。案情发生，曾泰采取紧急措施，一方面封锁州境，盘查各商
旅游众，没有签批不得擅离，发现可疑立即拘押。一方面驰报朝廷听侯处置。这时，城中、军中、衙中都传言此案。
案件查实为黑衣天王所为，曾泰鉴于百姓对黑衣天王的迷信，要求众官注意舆论，控制事态，以防激起民变。狄仁杰及时赶到，批评曾泰对黑衣社的漠然不知，并立即对案情作了准确的推断。小桃、薇儿等人渐渐浮出水面，一场惊险绝伦的侦察与反侦察，破获“死亡之神”和“地狱行动”的精彩战斗打响并层层翻滚推向高潮。
漕渠魅影 19-48
大运河长江通往淮水的邗沟，狂风暴雨之中，江淮盐铁转运使的官船不幸在邗沟覆没。像这样的覆船事件在这一特殊的水段一年之内已经连续发生十五次，数百万石食盐损折，船毁人亡。而朝廷派去扬州查察此事的工部官员一批又一批均是无功而返，可邗沟覆船的异事却是一次紧似一次。此外，此番出漕调查的水部郎中李翰竟然在任上自缢身死，并留下绝命书。由于盐运受阻，西北各地军民所用食盐已呈紧张之势。武则天急召自凉州回京复命的狄仁杰进宫，改任他为江南道黜置大使，兼江淮都转运使，奉旨钦差，整饬吏制，察查邗沟覆船大案。狄仁杰带领李元芳、曾泰赶赴扬州，经过艰苦卓绝的调查和推断，终于使全部案情真相大白。
第四部
注：由于版权问题，又名《神断狄仁杰》，制片人不再由张文玲担任。出于考虑，将突厥改为“突勒”，历史上没有突勒这个民族。
金银奇案 1-17
突厥吉利可汗的寿辰将至，武则天派遣李元芳及曾泰组成一支使团赴突厥祝寿，并为吉利可汗准备了精致的寿礼——由本朝金银器大师，殿中省将作大监波斯人沙尔汗亲手制成的金盘。沙尔汗禀告，为武则天寿诞，打造金银器所用的一百万两白银和十万两黄金，将于三日后由府库运至善金局。
狄仁杰在回府的路上，看到数十名老弱妇女高声喊冤，得知洛阳二十多名银匠被人雇佣外出做活却杳无音信。狄仁杰决定亲自接管此案。根据银匠李永之妻乐氏提供的线索，狄仁杰找到了李永留下的小银片，银片直指城外。狄仁杰率手下军头化装出城追查，在上灵村找到五辆崭新的乌蓬马车。入夜，几个骑马的黑衣人潜入村中，趁夜色掩护，悄然离去，于第二天中午来到洛阳，竟然驶进将作大监沙尔汗的家中。狄仁杰当即断定，此案定与沙尔汗有关，命众军头昼夜监视沙府。但当天夜里，善金局起火焚烧，烧了两天两夜，沙尔汗及坊内百名工匠殉职。通过勘查现场，狄仁杰得出结论，善金局被一支神秘骑兵袭击，这些人抢走制器用的金银，纵火将作坊烧毁。此言一出，举朝震惊，武则天委派狄公查察此案。经过一番艰苦卓绝的探查，真相终于浮出水面，原来，这是一场蓄谋已久的大阴谋。
杀人陷阱 18-41
李元芳、曾泰一行来到敦煌，此时，战火已起，边关封闭。
元芳找到好友王孝杰，见到了狄仁杰。告知其在月氏国看到了沙尔汗的孪生弟弟亚喀一事？狄仁杰决定寻根溯源，前往月氏进行调查。狄仁杰到达月氏国时，发现月氏国已被其近邻吐火罗军队占领。狄仁杰面见自己的老朋友——辅政大臣忠节，他告诉狄公，国王差斥几天前暴卒于宫中，死状极为可疑，忠节及众大臣要求验尸，却遭到王妃娜鲁的强烈反对，不仅如此，娜鲁派出卫队企图将忠节等人逮捕，却遭到忠节卫队的顽强抵抗，双方陷入僵持。忠节无奈，请吐火罗军队前来平乱，想不到却是引狼入室。狄仁杰、李元芳、曾泰协助忠节整编卫队，并说服王妃娜鲁同仇敌忾，最终赶走了吐火罗军队，助月氏国恢复秩序。
从王妃娜鲁的口中，狄仁杰得知国王差斥突患急症身亡，他与忠节为首的众大臣坚持要求验尸，王妃娜鲁被迫答允。验尸结果一出，月氏举朝惊骇，狄公断定，月氏国内定然有人策划了这场刺杀，他请娜鲁批准他在宫中搜查，果然，在老王宫的石头上找到了一根手指和一根脚趾，经过一番细致的推理，狄仁杰恍然大悟，手指和脚趾的含意是“手足”，也就是兄弟，他率人赶往差斥的弟弟委它的家，却发现委它已被人骗到了城外的中土庙，当众人赶到中土庙时委它已被人杀死在中土庙的大钟下。搜查之下，在佛像前放着一撮马廪，经了解差斥的妹妹管理国王的马厩，当狄公率人赶到时，差斥之妹已死在马厩里，并当场抓获了行凶的娜鲁王妃。案情愈演愈烈，狄仁杰百思不得其解，在元芳说起的被困地宫的事情中发现疑点，并在后园密道下地宫中的旧书中，找到了答案。
第五部（在上映中，剧情不完整）
琼花案
武周年间，扬州琼花观独一无二的一株琼花本已枯死，竟意外复生，且花中似有血色，一时间谣诼纷纭。武则天派太子李旦前往扬州，明为敕封琼花实则驱谣辟邪。太子到达扬州后竟意外失踪，狄仁杰、李元芳受命前往扬州调查。扬州城里却是芳龄少女接连被杀、西汉古墓疑似闹鬼、风流巨贾之妻突然失踪，案情诡谲，迷离百变。狄公认为，这些事件都不是孤立的，而是惊天阴谋的一部分。
金人案
京畿震后，武皇花园内一棵青铜树因震出土，人心惶惶，武皇急召狄仁杰进京议事。青铜树上密文显示武皇阴柔气重，需铸天枢辅以金人十二围绕，并于顶部建造太阳神鸟方可解此大难。武皇孤意制造天枢，命狄仁杰解开太阳神鸟之谜。然则，建造天枢却引出一桩桩离奇谜案：武弟子运送铜料却尽数失踪、黄金谷里机关重重、波斯美人引得盲眼画师命丧他乡、易大洪袒露蚀骨熔金之法暴毙……经过一番艰苦卓绝的探查，真相终于浮出水面，原来，这场蓄谋已久的大阴谋。
