硝化细菌需要附着在粗糙的地方才能开始工作，另外也需要给硝化细菌一个适当的水质以便促进滋生，如果鱼缸里本身鱼就比较多，水质不好，新来的硝化细菌无法适应恶劣环境反而会死掉，所以建立硝化环境都是在开缸时进行，保持水循环，充分增氧，微量腐败物都可以促进稳定硝化环境的建立，一般放一小块虾仁或者鱼肉，任其腐败，等到碎肉完全没有了，硝化环境也就算是建立起来了
1. 硝化菌并不能分解鱼排泄物 （和其它有益菌组成的硝化系统菌群可以，但很慢）
2. 硝化菌并不能分解水中的硫化氢(H2S), 反而会被水中的硫化氢毒害死亡
3. 硝化菌是没有味道的, 就算死后也只会有微弱的臭味
4. 硝化菌无法将氨(NH3)直接氧化为硝酸盐(NO3)
5. 硝化菌只是一个统称, 其中主要有亚硝酸菌和硝酸菌；亚硝酸菌能将氨(NH3)氧化为亚硝酸盐(NO2)，而硝酸菌能将亚硝酸盐氧化为硝酸盐(NO3)
6. 硝化菌要先将氨(NH3)氧化为亚硝酸盐(NO2)，然后再将为亚硝酸盐(NO2)氧化为硝酸盐(NO3)
7. 硝化菌的生长需要氧气
8. 二氧化碳不但对硝化菌无害，而且硝化菌需要靠二氧化碳来繁殖和生存
9. 硝化菌是无所不在的
10. 硝化菌在鱼缸的生长是缓慢的，靠自生方式来建构硝化系统的话，通常需要一个月或以上。如果氨化细菌和硝化细菌对比，氨化细菌要比硝化细菌繁殖快的多，举例来说，一个氨化细菌繁殖周期评价约为22分钟，就是22分钟后1个变2个，然后在翻倍成4个更具科学家评估，在20个小时以后1个细菌可以便成109个。可见氨化细菌繁殖惊人的速度。而硝化细菌就逊色很多。
一个硝化细菌中的亚硝酸菌繁殖周期大约是24—36小时，也就是说20小时后硝化细菌还停留在1个细菌的状态，而硝酸菌繁殖周期更长平均要花掉60个小时才能增值1倍，这也是造成新缸综合症的主要原因。
11. 硝化菌并不需光照生长，反而有避光生长的现象
12. 硝化菌并不能改善水质白浊的问题，而且一丁点的关系都没有
13. 硝化菌非常难保存，市面所卖的硝化菌绝大多数都是鱼目混珠的，大家选购的时候还是尽量选购大品牌的
14. 硝化菌在裸缸中所发挥的作用比草缸大，因为大部份水草能代替硝化菌的作用
