国务院综合监管并由国家食品药品 监督管理总局负责协调工作。
建立责权明确，协调一致，高效运转的食品安全监管体制是提高食品安全控制水平的基础。主要有国家食品药品监督管理总局负责协调工作。
2004年9月1日国务院颁布的《关于进一步加强食品安全工作的决定》要求，按照一个监管环节由一个部门监管的原则，采取分段监管为主，品种监管为辅的方式，进一步理顺食品安全监管职能，并对农业，质检，卫生，工商，食品药品，发展改革和商务等部门的职责进行了划分，对进一步发挥行业协会和中介组织的作用以及强化地方政府对食品安全监管的责任也提出了明确的要求。
但是，从总体来看，目前的体制仍然存在协调性不够，部门交叉，权责不明，行业组织的作用没有得到充分发挥等问题，还需要食品安全监管体制进一步的完善。
